Filipowicz w swoich wspomnieniach opisał historię kontaktów z SB w latach 60. i 70. Oficerowie bezpieki próbowali namówić go do współpracy także wówczas, kiedy wyjechał do Watykanu. Gdy to się nie udało, ksiądz w tajemniczych okolicznościach odszedł z Radia Watykańskiego. Zanim jednak wyjechał z Rzymu, usłyszał od Jana Pawła II pytanie: "Dlaczego zdradziłeś mnie, Filipowicz?" Z jezuitą księdzem Witem Pasierbkiem rozmawiał reporter RMF FM Maciej Grzyb: Ksiądz Filipowicz utrzymuje, że nigdy nie był świadomym Tajnym Współpracownikiem SB. Przyznaje jednak, że kilka razy spotykał się z oficerami bezpieki.