Chodzi o organizacje prowadzące - według rosyjskiego prawa - działalność polityczną i otrzymujące na nią wsparcie finansowe z zagranicy. Ustawa nakłada na te NGO obowiązek rejestracji w charakterze "zagranicznego agenta". Zgodnie z tym aktem prawnym organizacje otrzymują taki status i zostają objęte restrykcyjną kontrolą ze strony państwa. Za odmowę podporządkowania się nowym przepisom takim NGO i ich szefom grożą wysokie kary pieniężne, a nawet więzienie. Czajka poinformował Putina o wynikach kontroli w organizacjach pozarządowych dotyczących wypełnienia obowiązku rejestracji w charakterze "zagranicznego agenta". Oznajmił, że w Rosji w momencie wejścia w życie ustawy było 215 NGO, które powinny były w ten sposób się zarejestrować. Według prokuratora generalnego z 215 NGO spełniających w listopadzie ubiegłego roku kryteria "zagranicznych agentów" 22 organizacje do tej pory nie zarejestrowały się w w tym charakterze, "kontynuując działalność polityczną i w dalszym ciągu otrzymując pieniądze z zagranicy". Reszta, czyli 193 organizacje, "zaprzestała swej działalności, lub przestała otrzymywać wsparcie finansowe z zagranicy". Czajka podkreślił, że w ciągu ostatnich trzech lat organizacje pozarządowe w Rosji otrzymały wsparcie finansowe z zagranicy w wysokości 6 mld rubli (ok. 182 mln dolarów). Czajka zapewnił Putina, że przeszukania dokonane w NGO w ramach kontroli były wcześniej planowane i w pełni legalne. Od lutego rosyjska prokuratura prowadziła kontrole w siedzibach niezależnych organizacji pozarządowych. Rewizje objęły ok. 2 tys. NGO, w tym wiele zajmujących się obroną praw człowieka i walczących z korupcją. Przeszukano biura m.in. Memoriału, Agory, Amnesty International, Human Rights Watch i Transparency International. Skontrolowano również niezależną pracownię badania opinii publicznej Centrum Lewady, a nawet niektóre ośrodki zajmujące się nauczaniem języków obcych. W czerwcu zawieszono na pół roku stowarzyszenie Gołos, które nie chciało zarejestrować się jako "zagraniczny agent". Przeszukania wywołały krytykę społeczności międzynarodowej. Zaniepokojenie wyraziły m.in.: Rada Europy, Unia Europejska, Stany Zjednoczone, Wielka Brytania, Niemcy i Francja. Rada Europy oceniła, że ustawa o NGO paraliżuje pracę organizacji pozarządowych w Rosji. Kontrole i rewizje w biurach organizacji pozarządowych zaczęły się po lutowym wystąpieniu prezydenta Putina na spotkaniu z kierownictwem Federalnej Służby Bezpieczeństwa. Putin zażądał wówczas od FSB "zwalczania wszelkich prób bezpośredniej lub pośredniej ingerencji w sprawy wewnętrzne FR". W czerwcu minister sprawiedliwości Aleksandr Konowałow uznał, że w rejestrze organizacji pozarządowych - "zagranicznych agentów" nigdy nie znajdzie się żaden zapis, gdyż w ustawie nie przewidziano mechanizmu przymusowej rejestracji takich NGO.