Najważniejsze zarzuty pod adresem Djukanovicia to przyjęcie głównej prokurator trybunału ONZ do spraw zbrodni wojennych w byłej Jugosławii oraz przeproszenie Chorwacji za zbombardowanie w 1991 r. Dubrownika przez armię jugosłowiańską. Belgrad nie może też wybaczyć Djukanoviciowi, że minister spraw zagranicznych Czarnogóry uczestniczył w posiedzeniu Rady Bezpieczeństwa ONZ, a nie wpuszczono na nie przedstawiciela Serbii. Sztab generalny jugosłowiańskiej armii ostrzega, że będzie rozmieszczał wojska wedle własnego uznania. Djukanović, otwarty na współpracę z Zachodem, dążył do niezależności od Belgradu. Groził nawet rozpisaniem referendum w sprawie niepodległości. Często odmawiał stosowania zarządzeń prezydenta Jugosławii Slobodana Miloszevicia. Tak było również podczas bombardowań NATO w Jugosławii. Serbia nie decydowała się do tej pory na tak ostre słowa pod adresem niesfornej republiki. Analitycy przypuszczają, że w całej sprawie chodzi poprawę wizerunku Slobodana Miloszevicia w oczach serbskiego społeczeństwa, w momencie, gdy z otoczenia prezydenta Jugosławii dochodzą sygnały o możliwości rozpisania wyborów federalnych i lokalnych.