Pomysł utworzenia placówki muzealnej, która ma przedstawiać tragiczne losy Polski w okresie 1939-1945 na szerokim tle europejskim zaprezentował w grudniu 2007 r. premier Donald Tusk. 1 września 2008 r. szef rządu powołał na swojego doradcę oraz pełnomocnika do spraw Muzeum II Wojny Światowej prof. Pawła Machcewicza i powierzył mu przygotowanie koncepcji muzeum. W skład kolegium programowego Muzeum wchodzą m. in. Władysław Bartoszewski, prof. Jerzy Borejsza i prof. Tomasz Szarota. Przewodniczącym kolegium jego członkowie wybrali historyka i autora wielu prac na temat II wojny Normana Daviesa. Według dyrektora placówki Pawła Machcewicza jej podstawową misję będzie "pokazanie Polsce, ale też Europie i światu pełnego obraz II wojny światowej, zarówno doświadczeń polskich, jak i doświadczeń innych narodów". - Chcemy, aby ekspozycja w muzeum wprowadzała do europejskiej pamięci wojny - mówił Machcewicz na konferencji prasowej, która odbyła się w poniedziałek w Gdańsku. Zgodnie z roboczymi założeniami przestrzeń ekspozycyjna muzeum ma wynieść około czterech tysięcy merów kwadratowych. Placówka ma dodatkowo pełnić rolę ośrodka edukacji, kultury oraz nauki. Ma też prowadzić badania naukowe i działalność wydawniczą oraz pełnić funkcję centrum spotkań krajowych i międzynarodowych. Muzeum będzie miało swoją siedzibę niedaleko historycznej Poczty Polskiej, w rejonie ul. Wałowej (na terenie obecnej zajezdni autobusowej). W minionym tygodniu radni Gdańska wyrazili zgodę na przekazanie 1,7 hektara ziemi w tym rejonie pod budowę placówki. W pierwszych dniach listopada br. ma zostać rozstrzygnięty międzynarodowy konkurs na projekt wizualizacji scenografii wystawy głównej Muzeum. Z kolei na początku przyszłego roku, rozpisany zostanie również międzynarodowy konkursu architektonicznego dotyczącego projektu budynku Muzeum. Sama budowa placówki mogłaby ruszyć na przełomie 2011/2012 roku.