Jak powiedział rzecznik Pentagonu Geoff Morrell, Gates poprosił o sporządzenie takiego planu, żeby Pentagon był gotowy na zajęcie się kwestią zamknięcia Guantanamo, jak tylko Obama obejmie urząd prezydenta 20 stycznia. Administracja odchodzącego prezydenta George'a W. Busha dawała do tej pory do zrozumienia, że trudno będzie zamknąć więzienie dla podejrzanych o terroryzm w bazie Guantanamo m.in. z powodu stanowiska rządów krajów, z których pochodzą więźniowie. Kraje, których obywatelami są podejrzani z Guantanamo, albo nie chcą ich przyjąć z powrotem, albo nie gwarantują, że po powrocie pozostaną oni pod kluczem. Zamknięcie Guantanamo, gdzie obecnie jest przetrzymywanych około 250 domniemanych terrorystów, jest jednym z priorytetów prezydenta- elekta. Analitycy komentują, że ruch ten jest jednym z najczytelniejszych sygnałów, że Obama chce zerwać z polityką Busha. Robert Gates zachowa tekę ministra obrony w gabinecie Obamy. Więzienie dla podejrzanych o terroryzm, schwytanych głównie w Afganistanie i Pakistanie, zorganizowane w amerykańskiej bazie Guantanamo na Kubie w 2002 r., od początku budziło kontrowersje i krytykę ze strony obrońców praw człowieka. Niewielkiej części z przetrzymywanych przedstawiono formalne zarzuty. Dopiero w 2006 roku uznano, że przysługują im prawa wynikające z Konwencji Genewskich.