Pracując dla komisji Izby Reprezentantów, Lewis zajmował się kwestiami związanymi z Guantanamo. Obecnie jego zadaniem będzie przetransferowanie przetrzymywanych tam osób do Stanów Zjednoczonych oraz innych krajów, a także nadzór nad sprowadzeniem do USA z amerykańskich więzień w Afganistanie podejrzanych, którzy nie są Afgańczykami. Z Lewisem będzie współpracował wysłannik Departamentu Stanu Cliff Sloan, któremu powierzono tę funkcję w czerwcu. W maju w przemówieniu wygłoszonym w Akademii Obrony Narodowej prezydent Barack Obama oświadczył, że więzienie dla podejrzanych o terroryzm w bazie Guantanamo "nigdy nie powinno było zostać otwarte". Obama obiecywał zlikwidować Guantanamo jeszcze podczas swej kampanii wyborczej, ale natrafił na zdecydowany opór opozycji. W maju wyraził opinię, że Kongres "nie ma żadnego powodu, poza polityką" dla blokowania zamknięcia tego więzienia. Lewis i Sloan mają teraz wprowadzić w życie zaanonsowany w maju plan prezydenta, który zlecił wówczas Pentagonowi wyznaczenie miejsca na terytorium USA, gdzie osoby przetrzymywane w kontrowersyjnym więzieniu będą mogły zostać osądzone przez sądy wojskowe. Również w maju Obama poinformował, że zniósł zakaz transferu więźniów Guantanamo do Jemenu. Spośród 164 osób, które nadal są tam przetrzymywane, 84 to Jemeńczycy, a 56 z nich zostało wskazanych jako więźniowie, którzy mogą zostać przekazani władzom w Sanie. - Tam, gdzie będzie to stosowne, będziemy pociągać terrorystów do odpowiedzialności przed naszymi sądami i w wojskowym systemie wymiaru sprawiedliwości - zapowiedział prezydent. Około 46 więźniów Guantanamo nie zostało formalnie oskarżonych ani skazanych z braku dowodów, ale są uznani za zbyt niebezpiecznych, by mogli wyjść na wolność.