Odnosząc się m.in. do ujawnionej przez włoskie media wypowiedzi księdza Floriana Abrahamowicza, przywódcy lefebrystów z północy Włoch, ks. Lombardi stwierdził, że negowanie holokaustu neguje samą wiarę chrześcijańską. "Kto neguje Szoah, nie wie nic o tajemnicy Boga ani o Krzyżu Chrystusa. Jest to tym cięższe, jeśli negowanie to pochodzi z ust księdza czy biskupa, a więc kapłana chrześcijańskiego, związanego czy też nie z Kościołem katolickim" - oświadczył ks. Lombardi w komentarzu zamieszczonym na stronie internetowej Radia Watykańskiego, którego jest dyrektorem. Przypominając wypowiedź Benedykta XVI podczas środowej audiencji generalnej, gdy przestrzegał przed zapominaniem o holokauście i jego negowaniem, watykański rzecznik podkreślił, że papież "przywołał dramatyczne pytania, jakie wydarzenia stawiają sumieniu każdego człowieka i każdego wierzącego". "W obliczu tej podwójnej tajemnicy - straszliwej potęgi zła i pozornej nieobecności Boga - jedyną ostateczną odpowiedzią wiary chrześcijańskiej jest męka Syna Bożego. To są najgłębsze i najbardziej decydujące kwestie człowieka i wierzącego w obliczu świata i historii" - oświadczył ks. Lombardi. Kolejna burza wokół lefebrystów wybuchła po tym, gdy ks. Abrahamowicz powiedział w wywiadzie prasowym, że komory gazowe służyły "najwyżej do dezynfekcji" i że nie wie, czy spowodowały ofiary śmiertelne. Stanął on również w obronie biskupa lefebrysty Richarda Williamsona, zadeklarowanego negacjonisty.