Była to trzecia wizyta przywódcy Kościoła katolickiego w świątyni żydowskiej. Jako pierwszy odwiedził centralną synagogę w Rzymie papież Jan Paweł II w 1986 r. Benedykt XVI odwiedził w 2005 r. synagogę Kolonii w Niemczech, która była zburzona w czasie II wojny światowej i potem odbudowana. Wizyta w synagodze Park East trwała około 20 minut. Papieża przywitał rabin Arthur Schneier. Benedykt XVI wręczył mu w darze kopię średniowiecznego manuskryptu żydowskiego z Biblioteki Watykańskiej. Sam otrzymał od rabina kilka przedmiotów z liturgii judaistycznej, m.in. hagadę i srebrny talerz sederowy. Rabin Schneier w swoim przemówieniu przypomniał o Holokauście i wielowiekowych napięciach w stosunkach między judaizmem a chrześcijaństwem. Podkreślił, że dopiero II sobór watykański przyniósł ich poprawę, gdyż potępił antysemityzm. Papież przemawiał tylko 3 minuty i nie poruszył tematu zagłady Żydów w czasie II wojny światowej. Niektóre środowiska żydowskie mają Bendyktowi za złe, że przywrócił w liturgii katolickiej starą modlitwę, w której mówi się o potrzebie nawracania Żydów. Mają też do obecnego papieża pretensję za to, że rzadko porusza temat Holocaustu i że uważa katolicyzm za jedyną prawdziwą wiarę. Pochodzący z Niemiec papież był jako kilkunastoletni chłopiec przymusowo wcielony do Hitlerjugend, a potem do Wehrmachtu. Zawsze jednak podkreśla, że nigdy nie sympatyzował z nazizmem. Po wizycie w synagodze papież odprawił w Nowym Jorku nabożeństwo i przemawiał do przywódców innych wyznań chrześcijańskich.