W 2005 roku kardynał Jorge Bergoglio został oskarżony o współpracę z juntą wojskową przy uprowadzeniu dwóch jezuitów, podejrzanych o lewicowe przekonania. W 2010 roku kardynał ujawnił, że doprowadził do uwolnienia zakonników i ukrywał na terenie kościelnym poszukiwane osoby. W obronie kardynała Bergoglio wystąpił Adolfo Perez Esquivel i sędzia German Castelii, który badał zbrodnie argentyńskiej junty. Informacje o tym, że ojciec Jorge Maria Bergoglio nie tylko nie ułatwił juncie aresztowania dwóch jezuitów, ale potem zabiegał o ich uwolnienie, wykazując się niezwykłą odwagą wobec przedstawicieli reżimu, znalazły się w dokumentach, do których udało się dotrzeć Grzegorzowi Polakowi. Wynika z nich, że prawdopodobnie to dzisiejszy papież uratował życie ojcom: Orlando Yorio i Franzowi Jalicsowi. Ojciec Bergoglio po aresztowaniu księży miał odbyć wiele zakulisowych spotkań w celu uwolnienia tych księży. Miał też często udzielać schronienia na terenie kościelnym ludziom poszukiwanym przez dyktaturę. Pewnego razu dał swój paszport człowiekowi, który był podobny do niego, by za pomocą tego dokumentu mógł uciec z Argentyny. O tym, że obecny papież pomagał prześladowanym przez władzę duchownym, świadczy też paragwajski jezuita ksiądz Jose Luis Caravias. Ujawnił on, że gdy w 1972 r. był prześladowany przez władze, ówczesny prowincjał argentyński, ks. Jorge Mario Bergoglio chronił go i uratował mu życie. Prześladowany w swojej ojczyźnie przez dyktaturę Alfredo Stroessnera, ks. Caravias musiał w maju 1972 r. opuścić Paragwaj. Osiedlił się w północnej Argentynie. Zaczął tam pracować w polu i założył związek zawodowy rolników. Wówczas zainteresował się nim Antykomunistyczny Sojusz Argentyński, ugrupowanie stworzone do walki z opozycją. W tej sytuacji ks Caravias uznał, że potrzebuje wsparcia ,,jakiejś instytucji". Pojechał więc do stolicy, do swego prowincjała, którym był obecny papież Franciszek. "Ofiarował mi swe pełne wsparcie i skierował do pracy wśród Paragwajczyków mieszkających w miastach w aglomeracji Buenos Aires. Jednak prześladowanie trwało i w pewnym momencie Bergoglio powiedział mi, że skazano na śmierć trzech księży: [Francisco] Jalicsa, [Orlando] Yorio, a trzecim byłem ja" - powiedział ks. Caravias. Prowincjał zalecił mu więc, by wyjechał z kraju, ratując mu w ten sposób życie.