Uroczysta msza składała się z kilku symbolicznych części. W kulminacyjnym momencie papież rozpoczął wyznanie winy Kościoła - nawracanie siłą na wiarę, krucjaty, Inkwizycję, antysemityzm, nietolerancję, dyskryminację kobiet i godzenie w prawa człowieka. Rachunek kościelnego sumienia składał się z siedmiu części. Po każdej z nich zapalano lampkę na pochodzącym z XIV w. krzyżu, umieszczonym w centralnym punkcie Bazyliki Świętego Piotra, tuż nad grobem apostoła. Papieska prośba o przebaczenie za grzechy przeszłości Kościoła, w tym bierność wobec Holocaustu raczej nie przekona Żydów otwarcie sprzeciwiających się kanonizacji papieża z czasu wojny - Piusa II - uważają obserwatorzy. Środowiska żydowskie są przeciwne wyniesieniu Piusa na ołtarze, gdyż zarzucają mu bierność, która doprowadziła do śmierci wielu Żydów podczas II wojny światowej. Ówczesny papież świadomy rozmiaru Holocaustu, mimo możliwości nie przestrzegł żydowskiej społeczności Rzymu przed grożącym śmiertelnym niebezpieczeństwem ze strony nazistów. Włoscy i niemieccy Żydzi skrytykowali dzisiejsze częściowe przyjęcie odpowiedzialności przez Jana Pawła II za błędy, jakie Kościół rzymsko-katolicki popełnił w przeszłości. Ich zdaniem było ono nieadekwatne do rzeczywistości. Watykan "nigdy, a nawet jeśli tak, to w sposób niemal niezauważalny, nie sprzeciwił się reżimowi odpowiedzialnemu za Holocaust" - podkreślają Żydzi.