W 2004 roku ówczesny prezydent Pakistanu Pervez Musharraf ułaskawił wprawdzie Khana z racji jego wcześniejszych zasług dla kraju, ale zdecydował o umieszczeniu go w areszcie domowym. Teraz sąd zwrócił mu wolność - powiedział prawnik Iqbal Jaffry i podkreślił, że Khan "będzie dysponował pełnią praw (...) zgodnie z konstytucją i Koranem". Khan skonstruował pierwszą bombę atomową w świecie islamskim w 1998 roku. W styczniu 2004 roku przyznał, że przez ponad 10 lat brał udział w pokątnym handlu technologiami nuklearnymi z Koreą Płn., Libią i Iranem. W 2008 roku Khan zmienił wersję, twierdząc, że Korea Płn. w 2000 roku otrzymała wirówki atomowe z Pakistanu za przyzwoleniem Perveza Musharrafa. Mówił też, że Musharraf zmusił go, by "w interesie kraju" został "kozłem ofiarnym". Rząd Pakistanu twierdził od początku, że nie miał nic wspólnego z przekazywaniem tajemnic atomowych innym krajom. Zdaniem komentatorów, Khan nie mógł jednak działać sam, a ułaskawienie go było wynikiem układu, mającego uchronić przed odpowiedzialnością za transfer technologii jądrowych wysoko postawionych współpracowników Khana, w tym wpływowych generałów armii pakistańskiej.