Zarządził przy tym zmiany w ich procedurach, gwarantujące większe prawa oskarżonym. Obama powiedział, że trybunały w nowym kształcie "są najlepszym sposobem ochrony naszego kraju przy jednoczesnym przestrzeganiu naszych głęboko zakorzenionych zasad i wartości". Zwrócił się też do Kongresu USA o odpowiednie zmiany w ustawie o trybunałach. Jak poinformowała administracja, nowe reguły zabronią m.in. używania przeciw oskarżonym dowodów opartych na pogłoskach oraz zdobytych poprzez "okrutne i nieludzkie traktowanie" więźniów. Podsądni będą mieli też większą swobodę wyboru adwokata i prawo do odmowy składania zeznań. Trybunały o nazwie "komisje wojskowe" powstały niedługo po zamachach terrorystycznych z 11 września 2001 roku. Miały sądzić podejrzanych o terroryzm, schwytanych przeważnie w Afganistanie i osadzonych w więzieniu wojskowym w amerykańskiej bazie Guantanamo na Kubie. Od początku organizacje obrony praw człowieka zarzucały im, że dają oskarżonym niewystarczające prawa do obrony i przedstawienia dowodów niewinności. Pentagon wprowadził następnie pewne zmiany zwiększające prawa oskarżonych i zaostrzające kryteria udowodnienia winy. Kongres zalegalizował trybunały w 2006 roku. Nadal jednak nie obowiązywała w nich zasada udowodnienia winy "ponad wszelką wątpliwość", jak w zwykłych sądach amerykańskich, a także koniecznej jednomyślności w orzeczeniu winy, tak jak w sądach przysięgłych. W trybunałach sądzić mają zawodowi wojskowi. W dotychczasowym systemie trybunałów postawiono dotąd formalne zarzuty trzynastu spośród 241 więźniów Guantanamo. Pięciu z nich to oskarżeni o współudział w przygotowaniu zamachów z 11 września. Przewiduje się, że w nowym systemie trybunały sądzić będą najwyżej 20 oskarżonych o terroryzm. Decyzję Obamy chwalą Republikanie. Krytykują go jednak środowiska lewicowo-liberalne, które oczekiwały, że prezydent zlikwiduje trybunały. Zdaniem Amerykańskiej Unii Swobód Obywatelskich (ACLU) terrorystów można sądzić przed normalnymi sądami w USA. Przeciwnicy takiego rozwiązania zwracają jednak uwagę, że rozbudowane gwarancje praw oskarżonych w amerykańskim wymiarze sprawiedliwości mogą sprawić, że rozprawy przed sądami będą się ciągnąć latami. Komentatorzy podkreślają, że Obama w tym tygodniu już po raz drugi naraził się lewicy we własnej partii - poprzednio, gdy cofnął wcześniejszą decyzję udostępnienia opinii publicznej zdjęć torturowania podejrzanych o terroryzm.