Zgodnie z zapowiedziami krajowym dyrektorem wywiadu, czyli koordynatorem pracy ponad 15 amerykańskich agencji wywiadowczych, został emerytowany admirał Dennis Blair. Dyrektorem najważniejszej z nich, CIA, będzie Leon Panetta, długoletni kongresman i były szef kancelarii prezydenta Clintona. Ta ostatnia nominacja wzbudziła kontrowersje, ponieważ Panetta nigdy nie pracował w wywiadzie i nie ma żadnego praktycznie doświadczenia w tej dziedzinie poza przeglądaniem raportów tajnych służb, kiedy był szefem kancelarii Clintona. Panetta zdecydowanie potępił stosowanie "surowych metod" przesłuchań - jak eufemistycznie określa się np. symulację topienia więźnia przywiązanego do deski (tzw. waterboarding) i inne brutalne metody, uznane za tortury przez obrońców praw człowieka. Stosowała je CIA za rządów Busha wobec podejrzanych o terroryzm. Wybór Panetty uważa się za ustępstwo wobec lewicowych Demokratów, którzy domagali się, aby szefem CIA został polityk, którzy zerwie z kontrowersyjnymi metodami walki z terroryzmem odchodzącej administracji, np. z inwigilacją elektroniczną Amerykanów w celu wykrycia ich kontaktów z terrorystami. Przeciw nominacji Panetty zaprotestowali konserwatyści, ostrzegając przed pozbawieniem służb specjalnych skutecznych narzędzi walki z terroryzmem. Zastrzeżenia wyrazili nawet początkowo niektórzy Demokraci, jak przewodnicząca senackiej Komisji ds. Wywiadu Dianne Feinstein oraz senator John Rockefeller. Ci ostatni jednak wyrazili ostatnio aprobatę dla nominacji. Ogłaszając nominacje, Obama podkreślił, że ma pełne zaufanie do Panetty. Jego i Blaira nazwał "urzędnikami państwowymi (public servants) o nieposzlakowanej uczciwości i szerokim doświadczeniu". Powiedział, że obaj są "silnymi menedżerami z pragmatyczną postawą, której potrzebujemy w niebezpiecznych czasach".