Spotkałem się dzisiaj z generałem Johnem Allenem i przyjąłem jego prośbę o przejście na emeryturę, aby mógł zająć się problemami zdrowia w kręgu swojej rodziny" - napisał prezydent. 60-letni Allen z Korpusu Piechoty był przez ponad półtora roku dowódcą Międzynarodowych Sił Wsparcia Bezpieczeństwa (ISAF) w Afganistanie. Na tym stanowisku "doprowadził do znacznego zwiększenia potencjału bojowego sił afgańskich, osłabienia Al-Kaidy i jej ekstremistycznych sojuszników i przekazania afgańskim siłom odpowiedzialności za bezpieczeństwo kraju" - podkreślił Obama w komunikacie. W połowie października ubiegłego roku prezydent mianował Allena nowym naczelnym dowódcą połączonych sił zbrojnych NATO w Europie. Biały Dom poprosił jednocześnie o wstrzymanie przesłuchań w Senacie w sprawie zatwierdzenia jego nominacji, kiedy z materiałów śledztwa w sprawie dyrektora CIA Davida Petraeusa okazało się, że Allen także jest w nią uwikłany. W listopadzie ubiegłego roku minister obrony USA Leon Panetta zarządził dochodzenie w sprawie e-maili generała Allena do Jill Kelley, wolontariuszki pracującej w Centralnym Dowództwie Wojsk USA w Tampie na Florydzie (CENTCOM), której interwencja w FBI doprowadziła do ujawnienia pozamałżeńskiego romansu Petraeusa z autorką jego biografii Paulą Broadwell. Kelley poskarżyła się FBI, że Broadwell wysyła do niej e-maile z pogróżkami, powodowana prawdopodobnie zazdrością o Petraeusa. Miało to miejsce w czasie, gdy Petraeus był szefem CENTCOM, a Allen jego zastępcą. FBI wszczęło śledztwo i wpadło na trop romansu szefa CIA. W wyniku skandalu Petraeus złożył dymisję, podając jako powód swoją niewierność małżeńską. Gen. Allen został w styczniu oczyszczony z podejrzeń, że jego korespondencja e-mailowa z wolontariuszką w bazie lotniczej MacDill na Florydzie była niestosowna. Poprosił wtedy prezydenta o czas do namysłu w sprawie przyjęcia funkcji dowódcy sił NATO w Europie, sprawowanej do tej pory przed admirała Jamesa Stavridisa.