Według komisji wyborczej w drugiej turze wyborów prezydenckich 16-17 czerwca Mursi, reprezentujący Partię Wolności i Sprawiedliwości (PWiS) będącą politycznym ramieniem Bractwa Muzułmańskiego, zdobył 51,7 proc. głosów i pokonał ostatniego premiera reżimu Hosniego Mubaraka, byłego dowódcę sił powietrznych Egiptu Ahmeda Szafika. Pierwotnie ogłoszenie wyników drugiej rundy wyborów miało nastąpić w czwartek, ale opóźniło się z powodu odwołań, złożonych przez obu kandydatów. Wcześniej na podstawie własnych obliczeń każdy z kandydatów twierdził, że to on wygrał wybory. Gdy w niedzielę ogłoszono oficjalnie zwycięstwo Mursiego, na placu Tahrir jego zwolennicy zaczęli wiwatować, tańczyć, machać egipskimi flagami i skandować "Allahu Akbar!" (Bóg jest wielki). 60-letni Mursi, wykształcony w USA inżynier z tytułem doktora Uniwersytetu Południowej Kalifornii, zostaje następcą Hosniego Mubaraka, który w wyniku wielkich demonstracji antyprezydenckich został zmuszony do ustąpienia w lutym 2011 roku. Po raz pierwszy w historii Egiptu urząd prezydenta będzie sprawował islamista. Rządząca w Egipcie Najwyższa Rada Wojskowa (NRW) wprowadziła poprawkę do konstytucji, ograniczającą władzę prezydenta, a 16 czerwca rozwiązano zdominowany przez islamistów parlament. Przedstawiciel NRW generał Mohamed al-Asar zapowiedział, że siły zbrojne do końca czerwca przekażą władzę w kraju nowo wybranemu prezydentowi. Nie podał jednak konkretnej daty. NRW rządzi Egiptem od obalenia reżimu Mubaraka. PWiS poinformowała w piątek, że ujawni wkrótce "narodowy projekt (...) obrony rewolucji", ponieważ w jej ocenie wojskowi zniwelowali jej skutki poprzez "konstytucyjny zamach stanu". Według źródeł tej partii Mursi konsultował się już telefonicznie ze znanym działaczem prodemokratycznym, laureatem Pokojowej Nagrody Nobla Mohamedem ElBaradeim i wyeliminowanym w pierwszej turze wyborów prezydenckich, uważanym za umiarkowanego islamistę Abdelem Moneim Abulem Fotuhem. Mursi urodził się w 1951 roku w rodzinie chłopskiej. Wielu komentatorów egipskiej sceny politycznej twierdzi, że brakuje mu charyzmy. Należy do konserwatywnego skrzydła Bractwa Muzułmańskiego. Zasiadał w parlamencie Egiptu w latach 2000-2005. Ponieważ Bractwo Muzułmańskie było pod rządami Mubaraka oficjalnie zakazane, mandat zdobył wtedy jako kandydat niezależny. W 2011 roku został przywódcą Partii Wolności i Sprawiedliwości - politycznego ramienia Bractwa Muzułmańskiego. Kampanię w wyborach prezydenckich prowadził początkowo pod hasłem "islamskiego odrodzenia", ale podkreśla, że rządy Bractwa Muzułmańskiego nie oznaczają, iż Egipt stanie się teokracją. Były ambasador RP w Egipcie Jan Natkański tak komentuje wyniki wyborów prezydenckich w Egipcie: "Myślę, że tego wyniku należało się spodziewać, ponieważ nie tylko Bractwo Muzułmańskie zmobilizowało wszystkie siły, ale również kontrkandydat (Ahmed Szafik) był reprezentantem poprzedniego systemu i kandydat Bractwa przedstawiał się wyborcom jako jedyny reprezentant tych wszystkich sił, które doprowadziły do obalenia poprzedniego systemu. Jestem przekonany, że to mu sporo głosów przysporzyło, bo tak naprawdę pomiędzy kandydatem Bractwa Muzułmańskiego a kandydatem poprzedniego reżimu wyborcy nie mieli zbyt łatwego ani dobrego wyboru. I sądzę też, że ci, którzy głosowali na gen. Ahmeda Szafika, czyli ostatniego premiera z czasów prezydenta Mubaraka, to byli nie tylko jego zwolennicy, ale również głosowali za nim tacy, którzy normalnie by nie głosowali, ale boją się politycznego islamu. I odwrotnie - za kandydaturą Mohameda Mursi, który wygrał ostatecznie te wybory, głosowali nie tylko jego zwolennicy z różnych partii islamistycznych, ale także wszyscy ci, którzy normalnie by tego nie zrobili, ale nie chcieli powrotu przedstawiciela poprzedniego reżimu. Dość skomplikowany był to obrazek wyborcy. Oczywiście teraz powstaje pytanie co dalej. Mursi został prezydentem, ale zapowiada, że premier nie będzie z jego partii. To mi przypomina naszą historię sprzed ponad 20 lat i hasło +wasz prezydent, nasz premier+. Ale czy tak będzie, zobaczymy za parę dni. Jest jeszcze jeden aspekt. Najwyższa Rada Wojskowa rządząca nadal, która formalnie będzie rządzić do 30 czerwca, kiedy przekaże władzę, przekaże ją symbolicznie. Przed samą drugą turą wyborów rozwiązała bowiem parlament ze względu na niekonstytucyjność niektórych elementów ordynacji wyborczej i wprowadziła uzupełnienie do konstytucji, które w znacznym stopniu ogranicza prerogatywy prezydenckie. I dziś najważniejszą rzeczą w Egipcie jest opracowanie nowej konstytucji. Nie ma parlamentu, nie ma konstytucji, są ograniczone prerogatywy prezydenckie zgodnie z deklaracją konstytucyjną, którą wojskowi opracowali. I na dobrą sprawę czy niezależnie od tego wojskowi formalnie będą na czele państwa czy przekażą władzę prezydentowi - będą nadal główną siłą rządzącą. Stąd tak ważną i nieprostą sprawą jest nowa konstytucja, ponieważ jak się rozpoczną już dywagacje z powołaniem komisji konstytucyjnej, to stawka jest olbrzymia: czy Egipt jako Druga Republika, bo tak to trzeba powiedzieć, gdyż Pierwsza była po obaleniu monarchii w 1952 roku, będzie państwem świeckim czy religijnym. Takie są w tej chwili znaki zapytania".