Według źródeł, związanych z trybunałami do spraw zbrodni wojennych, które działają w bazie marynarki wojennej USA w Guantanamo na Kubie, jeszcze we wtorek oskarżonym przedstawione zostaną zarzuty udziału w spisku i masowego zabójstwa. Za prezydentury George'a W. Busha wszystkim pięciu oskarżonym postawiono przed trybunałami zarzuty udziału w spisku w celu dokonania zamachów, których ofiarą padło blisko 3 tys. ludzi. Zarzuty te, za które grozi kara śmierci, zostały uchylone, gdy administracja prezydenta Baracka Obamy próbowała przenieść procesy do cywilnego sądu federalnego w Nowym Jorku z siedzibą w pobliżu miejsca, gdzie stały zniszczone przez porwane samoloty wieżowce World Trade Center. Jednak Obama ugiął się pod presją politycznej opozycji i w kwietniu ogłosił, że procesy znów trafią na wokandę w Guantanamo. Nadzorujący trybunały w Guantanamo emerytowany admirał Bruce MacDonald musi zatwierdzić zarzuty, zanim staną się one przedmiotem procesu. Poza Mohammedem, ujętym w 2003 roku w Pakistanie jednym z przywódców Al-Kaidy, czterej współoskarżeni to jego bliski krewny Ali Abdul Aziz Ali oraz Walid bin Attash, Ramzi Binalshibh i Mustafa Ahmed al Hawsawi.