Stratfor nie spodziewa się zarazem powtórzenia w Mołdawii scenariusza ukraińskiego - aneksji części terytorium i wsparcia zbrojnych separatystów - ale zauważa, że choć jest to kraj mały, ma duże znaczenie strategiczne, ponieważ ścierają się w nim wpływy Rosji i Zachodu. Potencjalne czynniki destabilizacji politycznej znajdują się zarówno w samej Mołdawii, jak i poza nią. Są to: Naddniestrze, Gagauzja (autonomiczny obszar Mołdawii zamieszkany przez Gagauzów - grupę etniczną pochodzenia tureckiego), komunistyczna partia i Rosja. Każdy z nich jest przeciwny zacieśnieniu więzów Mołdawii z UE. Władze Naddniestrza - samozwańczego terytorium, które oderwało się od Mołdawii w okresie rozpadu ZSRR i jest faktycznie niezależne - ostrzegły rząd mołdawski w Kiszyniowie, że porozumienie o wolnym handlu może zakłócić stosunki handlowe z Naddniestrzem. Rosja wspiera Naddniestrze finansowo i militarnie. Naddniestrze zagroziło też formalnym przyłączeniem się do Rosji. W 2006 r. odbyło się tam referendum w tej sprawie, w którym ideę przyłączenia się do Rosji poparło 98 proc. ludności - przypomina Stratfor. Opory przed przyłączeniem Naddniestrza są raczej po stronie Moskwy niż Tyraspola. Zdaniem analityków na aneksję Naddniestrza przez Rosję się nie zanosi, ale mogą one ustanowić partnerstwo lub zgodzić się na potencjalne członkostwo terytorium w unii celnej oraz w lansowanej przez Moskwę Eurazjatyckiej Unii Gospodarczej. Kierownictwo autonomicznego regionu Gagauzji rozpisało ostatnio referendum, w którym ponad 98 proc. ludności odpowiedziało się za wejściem do Unii Celnej z udziałem Rosji, Białorusi i Kazachstanu (potencjalnie Kirgizji, Armenii i innych krajów i terytoriów) zamiast podpisywania umowy o wolnym handlu z UE. Według Stratforu są oznaki, że Gagauzja może naciskać na Kiszyniów, by przystał na federalizację Mołdawii po podpisaniu przez ten kraj układów z UE. O mołdawskiej partii komunistycznej rządzącej w latach 2001-09 Stratfor pisze, że jest najważniejszym instrumentem wpływów Rosji, ma spore poparcie na wsi i może inspirować antyunijne, prorosyjskie wystąpienia. Według Stratforu Rosja będzie stosować wobec Mołdawii te same utrudnienia w handlu, które stosowała wobec Ukrainy, gdy Kijów zdecydował się na zbliżenie z UE: cła i ograniczenia w dostawach energii. Rosja już wcześniej zamknęła rynek dla mołdawskiego wina. "Rosja będzie się pilnować, by wobec Mołdawii nie zadziałać zbyt agresywnie. Jej obecność w Naddniestrzu nie daje jej dogodnego położenia wyjściowego do wystąpienia przeciw Mołdawii i Moskwa będzie uważać, by uniknąć wzrostu napięcia z rządami europejskimi, zwłaszcza Niemiec. Rosja nie ma też w Mołdawii tak dużych wpływów kulturalnych i politycznych, jak na wschodzie Ukrainy" - tłumaczą analitycy Stratforu. "Moskwa będzie w związku z tym nadal wywierać na Mołdawię presję gospodarczą, wspierając Naddniestrze, Gagauzję i partię komunistyczną. Jej gra będzie złożona i wielowarstwowa, ale nie na tę skalę i nie tak bezpośrednio, jak na Ukrainie. Opozycja (wobec UE - PAP) jest w Mołdawii wystarczająco liczna, by stwarzać napięcia i potencjał destabilizacyjny" - napisali w konkluzji.