Jak poinformował, decyzja ta jest reakcją na zmianę przez władze partii, wbrew wcześniejszym ustaleniom, lidera listy kandydatów do PE w okręgu kujawsko-pomorskim. - Złożyłem legitymację, wystąpiłem z PiS i z klubu parlamentarnego PiS. Jestem bezpartyjny - powiedział Mojzesowicz. Nie chciał szerzej komentować sprawy. Rzecznik klubu PiS Mariusz Błaszczak powiedział dziennikarzom, że władze klubu czekają na potwierdzenie rezygnacji Mojzesowicza. Zaznaczył, że klub jest nadal otwarty na jego argumenty i liczy na refleksję ze strony posła. Mojzesowicz, dotychczas szef PiS w okręgu kujawsko-pomorskim, oburzył się, że wbrew jego rekomendacji i wcześniejszym obietnicom władz partii liderem listy w jego okręgu nie został miejscowy działacz Kosma Złotowski, który w przeszłości był posłem AWS i senatorem PiS. Kandydatura Złotowskiego została zaakceptowana przez Zarząd Główny PiS 8 kwietnia, ale tego samego dnia później Komitet Polityczny zdecydował, że "jedynką" w okręgu kujawsko-pomorskim będzie Ryszard Czarnecki z Wrocławia. Mojzesowicz, który uczestniczył tylko w posiedzeniu Zarządu Głównego o zmianie dowiedział się nazajutrz z mediów. Przed tygodniem Mojzesowicz zapowiedział, że jeżeli do 21 kwietnia władze PiS nie zmienią decyzji, to chyba nie przyjdzie mu nic innego, jak wystąpienie z PiS. W sobotę listy do PE zaakceptowała Rada Polityczna PiS. Prezes Jarosław Kaczyński ujawnił wówczas, że pierwsze miejsce w okręgu kujawsko-pomorskim proponowano eurosposłowi Januszowi Wojciechowskiemu i Mojzesowiczowi. Mojzesowicz przyznał, że otrzymał taką propozycję, ale już po akceptacji przez Zarząd Główny kandydatury Złotowskiego. - Godzinę po posiedzeniu Zarządu Głównego zadzwoniono do mnie, pytając czy nie zechciałbym startować w wyborach. To było celowe posunięcie, aby przeforsować kandydaturę Czarneckiego. Wszyscy od dawna przecież wiedzieli, że mnie nie to interesuje. Oczywiście, nie zgodziłem się - mówił wówczas. Jednocześnie poseł podtrzymał, że w przypadku braku zmiany na liście do PE w Kujawsko-Pomrskiem zrezygnuje z członkostwa w PiS, ale nie zamierza wstępować do innej partii. Mojzesowicz w Sejmie zasiada piątą kadencję. Pierwszy raz posłem został w 1989 r. z listy ZSL, mając oficjalne poparcie Komitetu Obywatelskiego. Do Sejmu I kadencji trafił jako członek PSL, wybrany z ramienia Bydgoskiej Listy Jedności Ludowej. Ponownie został posłem IV kadencji w 2001 r., startując z lity Samoobrony. Jednak w czasie kadencji odszedł z Samoobrony i założył koło Polski Blok Ludowy. Już jako członek PiS stał się posłem piątej kadencji w 2005 r. Od 9 września do 23 października 2006 r. w kancelarii ówczesnego premiera Jarosława Kaczyńskiego był sekretarzem stanu, odpowiedzialnym za politykę rolną. Odszedł ze stanowiska w kancelarii premiera po tym, gdy w programie TVN "Teraz My" ujawniono nagrania rozmów jego - a także Adama Lipińskiego - z Renatą Beger. Mojzesowicz rozmawiał z ówczesną posłanką Samoobrony o korzyściach - m.in. stanowisku w resorcie rolnictwa - jakie mogłaby otrzymać w zamian za poparcie rządu J. Kaczyńskiego. Na początku czerwca 2007 r. Mojzesowicz wystąpił z klubu PiS, protestując przeciw obecności w rządzie Andrzeja Leppera. Wrócił do klubu po dymisji Leppera 10 lipca 2007 r. 31 lipca 2007 r. został ministrem rolnictwa i rozwoju wsi w rządzie J. Kaczyńskiego. Jesienią 2007 r., po raz drugi z listy PiS, został wybrany posłem na obecną kadencję.