Wojciechowski, obecnie europoseł PiS, został 13 kwietnia negatywnie zaopiniowany w tajnym głosowaniu przez Parlament Europejski jako kandydat do ETO. Ostateczna decyzja w sprawie powołania członków Europejskiego Trybunału Obrachunkowego należy jednak do Rady UE, czyli przedstawicieli rządów państw członkowskich. Opinia europarlamentu nie jest dla nich wiążąca i Rada UE nie musi brać jej pod uwagę. Tak też się stało w przypadku Janusza Wojciechowskiego. W Parlamencie Europejskim, w trakcie przesłuchania w komisji kontroli budżetowej, część eurodeputowanych wyrażała wątpliwości, czy polski kandydat, aktywny polityk, będzie niezależny i obiektywny po objęciu stanowiska unijnego audytora. Europoseł Zielonych Igor Soltes ze Słowenii, który był sprawozdawcą PE w sprawie kandydatów do ETO, oświadczył wówczas po głosowaniu europarlamentu, że Janusz Wojciechowski "ma wprawdzie profesjonalne kompetencje", by zostać audytorem UE, ale "istnieją poważne obawy o jego polityczną niezależność, które nie zostały rozwiane podczas jego przesłuchania w komisji kontroli budżetowej". Soltes wskazywał także, że istnieje konflikt interesów ze względu na obecną rolę Janusza Wojciechowskiego, który, jako wiceprzewodniczący komisji PE. ds. rolnictwa, "był odpowiedzialny za decydowanie w sprawie budżetów, które miałby nadzorować w ETO". Janusz Wojciechowski, ur. w 1954 r., jest prawnikiem, sędzią. W latach 1995-2001 był prezesem Najwyższej Izby Kontroli. W latach 2001 - 2004 był wicemarszałkiem Sejmu, zaś od 2004 r. jest posłem do Parlamentu Europejskiego.