Z powodu restrykcji epidemicznych ceremonia pogrzebowa była zamknięta dla publiczności, zaś liczba jej uczestników musiała zostać ograniczona do 30. Wprawdzie to znacznie mniej niż zakładały plany sprzed epidemii (tam była mowa nawet o 800 gościach), ale - jak podkreślano - ceremonia w dużej mierze odzwierciedlała życzenia samego księcia, który nie chciał, by była nadmiernie pompatyczna. Rozpoczęła się ona przeniesieniem trumny z ciałem, przykrytej jego książęcą flagą, do specjalne zmodyfikowanego wojskowego Land Rovera, w modyfikowaniu którego na tę okazję książę Filip sam uczestniczył. Następnie samochód wyruszył do znajdującej się w zachodniej części zamku kaplicy św. Jerzego, w której zaplanowano nabożeństwo żałobne. Za nim poszła w kondukcie pogrzebowym część uczestników: czwórka dzieci księcia - Karol, Anna, Andrzej i Edward, trójka wnuków - William, Harry i Peter Phillips, zięć Timothy Lawrence, kuzyn David Armstrong-Jones, a także członkowie personelu księcia, którzy z racji ograniczeń nie brali udziału w nabożeństwie. Na końcu jechała królewskim Bentleyem sama królowa. Wielka Brytania zamilkła Wzdłuż trasy konduktu ustawieni byli żołnierze reprezentujący wszystkie rodzaje sił zbrojnych, co było jednym z wielu podczas sobotniej uroczystości nawiązań do wojskowej kariery księcia. Punktualnie o godz. 15. miejscowego czasu, zanim trumna została wniesiona do kaplicy, w całym kraju pamięć Filipa uczczono minutą ciszy. "Z wdzięcznymi sercami pamiętamy o wielu sposobach, jakimi Jego długie życie było dla nas błogosławieństwem. Zostaliśmy zainspirowani Jego niezachwianą lojalnością wobec naszej Królowej, Jego służbą dla Narodu i Wspólnoty Narodów, Jego odwagą, męstwem i wiarą. Nasze życie zostało wzbogacone przez wyzwania, które nam stawiał, zachętę, którą nam dawał, Jego życzliwość, humor i człowieczeństwo" - powiedział rozpoczynając nabożeństwo dziekan Windsoru, David Conner. Razem z nim odprawiał je zwierzchnik Kościoła Anglii, arcybiskup Canterbury Justin Welby. "Wspominamy dziś przed Tobą Filipa, księcia Edynburga, składając Ci dzięki - za jego zdecydowaną wiarę i lojalność, za jego wysokie poczucie obowiązku i uczciwość, za jego życie w służbie Narodu i Wspólnoty Narodów oraz za odwagę i inspirację jego przywództwa" - mówił z kolei Welby. Gdy trumnę opuszczano do krypty, rozbrzmiała symboliczna pieśń W trakcie nabożeństwa nie było - zgodnie z życzeniem księcia - kazania, były natomiast liczne nawiązania do służby Filipa w marynarce w czasie II wojny światowej i po jej zakończeniu. Było nim pierwsze czytanie, zaczerpnięte ze starotestamentowej Mądrości Syracha, którego przywołany fragment brzmi: "Ci, którzy pływają po morzu, opowiadają o jego niebezpieczeństwach, i dziwimy się temu, co słyszą nasze uszy. A tam, tak nadzwyczajne i dziwne dzieła, rozmaitość wszystkich zwierząt i świat potworów morskich!". Nawiązaniem do tego były także pochodząca z 1860 r. pieśń "Eternal Father, Strong to Save", która towarzyszyła żeglarzom i marynarzom, oraz odegrany przez trębaczy z marynarki sygnał bojowy, wskazujący, że wszystkie ręce powinny być gotowe do walki. Zabrzmiał on w momencie, gdy trumna została opuszczona do królewskiej krypty pod kaplicą św. Jerzego. Trumna pozostanie tam do śmierci królowej Elżbiety II, po czym zostanie przeniesiona do kaplicy króla Jerzego VI, w której również obecna monarchini zostanie pochowana. W znajdującej się też na terenie zamku kaplicy spoczywają już jej ojciec Jerzy VI, jej matka Elżbieta oraz młodsza siostra, księżniczka Małgorzata. W ceremonii wzięli udział królowa, czwórka dzieci jej i Filipa z małżonkami (z wyjątkiem rozwiedzionego Andrzeja) oraz ósemka wnuków - William, Harry, Peter Phillips, Zara Tindall, Beatrycze, Eugenia, Ludwika i Jakub, z czego czworo z małżonkami. Nie było natomiast żadnego z dziesięciorga prawnuków, gdyż uznano, że są jeszcze zbyt młodzi. Pozostałą dziesiątkę tworzyli: dzieci nieżyjącej już siostry królowej, księżniczki Małgorzaty - David Armstrong-Jones i lady Chatto wraz z mężem, trójka kuzynów królowej - Ryszard, książę Gloucester, Edward, książę Kentu i księżniczka Aleksandra a także hrabina Mountbatten oraz trójka niemieckich kuzynów księcia. Obecność tych ostatnich była życzeniem księcia, który powiedział, że skoro jego siostry nie mogły być na jego ślubie - z racji tego, że wyszły za niemieckich arystokratów, ich obecność tuż po II wojnie światowej nie byłaby mile widziana - to przynajmniej niech ich potomkowie będą na pogrzebie. Oczy zwrócone na Harrego i Williama Jak odnotowały media, po zakończeniu nabożeństwa i wyjściu z kaplicy, synowie następcy tronu, księcia Karola - William i Harry, którzy od dłuższego czasu pozostają w nienajlepszych stosunkach szli razem i rozmawiali. Wcześniej w kondukcie oddzielał ich Peter Phillips - choć jak również zauważono, starał się pozostawać nieco z tyłu, by zostawić przestrzeń między braćmi - a w czasie samego nabożeństwa siedzieli po przeciwnych stronach kaplicy. Stosunki Harry'ego, który wraz z żoną zrezygnował z pełnienia obowiązków członka rodziny królewskiej, pogorszyły się zwłaszcza po głośnym wywiadzie z początku marca. Harry i Meghan zarzucili w nim pozostałej części rodziny królewskiej brak wsparcia i nierówne ich traktowanie, a nawet zasugerowali, że w rodzinie królewskiej spotkali się z przejawami rasizmu. Od czasu śmierci Filipa brytyjskie media zastanawiały się, czy jego pogrzeb będzie okazją do pojednania w rodzinie. Na pogrzeb nie przyjechała będąca w zaawansowanej ciąży żona Harry'ego, księżna Meghan. Książę Filip, który był mężem Elżbiety II przez ponad 73 lata, zmarł 9 kwietnia na zamku w Windsorze na dwa miesiące przed 100. urodzinami.