W przeprowadzonych w środę wyborach "whipa", prefekta mniejszości republikańskiej (odpowiedzialnego za dyscyplinę partyjną w Senacie), reprezentujący stan Missisipi Lott uzyskał o jeden głos więcej niż umiarkowany senator Lamar Alexander z Tennessee, były kandydat do republikańskiej nominacji prezydenckiej. W grudniu 2002 r. Lott był gościem na przyjęciu z okazji 100. urodzin nieżyjącego już senatora Stroma Thurmonda z Karoliny Południowej, który w 1948 r. ubiegał się o prezydenturę jako kandydat założonej przez siebie partii Dixiecrats. Głosiła ona program utrzymania segregacji Murzynów i białych. Na przyjęciu Lott powiedział, że głosował wtedy na Thurmonda, i dodał: "Gdyby reszta kraju poszła za naszym przywództwem, nie mielibyśmy potem wszystkich tych problemów". W domyśle, chodziło o problemy z mniejszościami rasowymi. Wypowiedź senatora wywołała oburzenie. Lott miał wtedy - po wygranych przez Republikanów wyborach - zostać ponownie liderem większości w Senacie, ale pod naciskiem Białego Domu i Republikanów w Kongresie zrezygnował z tego stanowiska. Zastąpił go na nim senator Bill Frist. Chociaż przewidywano, że Lott nie powróci już do kierownictwa Partii Republikańskiej, okazało się, że potrafił odbudować poparcie dla siebie i przekonać innych senatorów, że jego sprawność i doświadczenie legislacyjne przydadzą się w okresie po porażce Republikanów w wyborach. Senatorowie, pytani czy nie przeszkadza im epizod z 2002 r., odpowiadali, że to już przeszłość. - Wszyscy w Ameryce wierzymy w odkupienie grzechów -- powiedział senator John McCain, prawdopodobny kandydat prezydencki w wyborach w 2008 r. Republikanie wybrali także nowego lidera mniejszości w Senacie, na miejsce odchodzącego na emeryturę senatora Frista. Został nim konserwatywny senator Mitch McConnell z Kentucky.