Od 2000 roku, przez kolejne trzy lata, Stolica Apostolska wydawała więcej niż zarabiała, potem danych finansowych nie ujawniono. Źródła dochodów Watykanu to przede wszystkim papiery wartościowe, czynsze za wynajem nieruchomości oraz datki od katolików z całego świata. W latach 90. ubiegłego wieku Stolica Apostolska zarabiała na korzystnym kursie dolara i hossie na giełdach światowych. Potem przyszedł krach. W 2003 roku kościoły katolickie na całym świecie przekazały Watykanowi 80 mln euro, do tego doszły indywidualne wpłaty na sumę 50 mln euro, ale na giełdach straty były tak wielkie, że deficyt budżetowy Stolicy Apostolskiej sięgnął 10 milionów euro.