Cofnięcie wobec niego ekskomuniki wywołało falę protestów ze strony środowisk żydowskich na całym świecie, a ostra krytyka spadła na samego papieża Benedykta XVI. "Oczywiście były błędy w sposobie prowadzenia tej sprawy w Kurii Rzymskiej" - stwierdził kardynał Kasper w wywiadzie dla Radia Watykańskiego. "Muszę powiedzieć to otwarcie" - dodał. Następnie zauważył, że "w Watykanie o tym temacie mówiono zbyt mało". Zdaniem kardynała Kaspera, w rezultacie nie sprawdzono "gdzie mogą wyniknąć problemy". "Wyjaśnienie tego po fakcie jest znacznie bardziej skomplikowane, niż zrobienie tego wcześniej" - podkreślił watykański hierarcha. Jak stwierdził, "z całą pewnością nikt nie może być zadowolony z tego, że są nieporozumienia". To pierwsze tak otwarte przyznanie się przedstawiciela Watykanu do błędu, popełnionego przy procedurze zdjęcia ekskomuniki. Wcześniej arcybiskup Wiednia kardynał Christoph Schoenborn ostro skrytykował za to Watykan. "Kto neguje Shoah nie może zostać zrehabilitowany w łonie Kościoła" - powiedział kardynał w wywiadzie dla austriackiej telewizji. Wyraził opinię, że "współpracownicy papieża w tym przypadku nie ocenili całej tej sprawy z należytą uwagą i nie zasięgnęli informacji, jak powinni byli to zrobić, na temat osoby Williamsona". Okazało się bowiem, że watykańska komisja do spraw dialogu z lefebrystami nie wiedziała o nagłośnionym przez media wywiadzie Williamsona dla szwedzkiej telewizji, w którym zanegował on istnienie komór gazowych. Z kolei watykański sekretarz stanu kardynał Tarcisio Bertone przyznał niedawno, że gdy poinformowano o tym wywiadzie, było już za późno na to, by zatrzymać proces zdjęcia ekskomuniki. W piątek bp Williamson wystosował list do Watykanu z przeprosinami za, jak to ujął, "burzę", którą spowodował.