Spór ten ciągnie się od 25 lat. Grecja obawia się, że Macedonia, która od momentu odzyskania niepodległości w 1991 roku używa tej nazwy, może wystąpić z roszczeniami terytorialnymi wobec greckiej prowincji Macedonia. Z tego powodu Ateny od lat blokują starania Skopje wstąpienia do NATO i Unii Europejskiej. Podczas spotkania z premierem Macedonii Zoranem Zaewem przewodniczący KE pochwalił "tempo wprowadzania reform" niezbędnych do dołączenia do UE oraz podpisanie traktatu o strategicznym partnerstwie z sąsiednią Bułgarią. Zwrócił również uwagę na postępy poczynione przez Grecję i Macedonię w kierunku zażegnania sporu związanego z nazwą. Aby załagodzić spór z Grecją Macedonia zmieniła nazwę lotniska im. Aleksandra Wielkiego w Skopje na Międzynarodowe Lotnisko Skopje. Prawo do przypisywania sobie wszelkich skojarzeń z Aleksandrem Wielkim, zwanym też Macedońskim, również stanowi część sporu między tymi dwoma krajami. Juncker przebył do Macedonii na samym początku swojej oficjalnej wizyty w krajach Bałkanów Zachodnich aspirujących do członkostwa w UE. Szef KE odwiedzi ponadto Albanię, Serbię, Kosowo, Macedonię, Bośnię i Czarnogórę.