Izrael zwolnił także dwie inne jednostki biorące udział we flotylli. Żołnierze izraelscy przejęli je 31 maja, a na pokładzie płynącego pod banderą turecką "Mavi Marmara" starli się z propalestyńskimi działaczami. Jak podało Ministerstwo Obrony Izraela, statki odpłynęły pod eskortą przybyłych w tym celu z Turcji okrętów tego kraju. Przelew krwi na "Mavi Marmara" wzburzył opinię międzynarodową. Wojsko izraelskie dokonało abordażu promu na wodach międzynarodowych. Wewnętrzne śledztwo wdrożone przez izraelską marynarkę wojenną wykazało, że w trakcie tej akcji popełniono "ciężkie błędy".