Wybór materiałów w tej sprawie IPN opublikował w specjalnym tomie "Zbrodnie przeszłości" w 2008 r. Ze stanowiskiem tym nie zgadza się rosyjski wymiar sprawiedliwości, który mord na polskich jeńcach z 1940 r. kwalifikuje jako "przestępstwo kryminalne". Kwalifikację prawną zbrodni katyńskiej jako zbrodni ludobójstwa nadał prokurator IPN w postanowieniu z 30 listopada 2004 r. o wszczęciu śledztwa (sygn. S 38/04/) "w sprawie dokonanych, w celu wyniszczenia części polskiej grupy narodowej (...), masowych zabójstw przez rozstrzelanie, nie mniej niż 21 768 obywateli polskich". W treści postanowienia prokurator IPN przyjął kwalifikację prawną zbrodni katyńskiej jako zbrodni ludobójstwa zgodnie z konwencją ONZ z 9 grudnia 1948 r., której art. 2 definiuje ludobójstwo jako czyn "dokonany w zamiarze zniszczenia w całości lub części grup narodowych, etnicznych, rasowych lub religijnych". W świetle prawa międzynarodowego to właśnie ta konwencja ONZ (pełna nazwa - Konwencja w sprawie Zapobiegania i Karania Zbrodni Ludobójstwa) definitywnie rozstrzyga o tym, czy dane wydarzenie jest (albo nie jest) ludobójstwem, i to niezależnie od prawodawstwa poszczególnych krajów, m.in. tych, na których terenie mogło dojść lub dochodziło do ludobójstwa. Na kryterium narodowościowe wskazała prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Warszawie, Małgorzata Kuźniar-Plota w opracowaniu IPN dotyczącym polskiego śledztwa ws. Katynia. Jest w nim przytoczona notatka Ludowego Komisarza Spraw Wewnętrznych Ławrientija Berii z 5 marca 1940 r., na podstawie której NKWD wymordowało polskich jeńców. W poleceniu adresowanym do NKWD ZSRR Beria rozkazuje, aby sprawy polskich jeńców "rozpatrzyć w trybie specjalnym z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelania". Decyzję tę Beria uzasadnia konstatacją, że przetrzymywani jeńcy są "zatwardziałymi, nie rokującymi poprawy wrogami władzy radzieckiej". W tej samej notatce Beria stwierdza także, że każdy z jeńców "oczekuje oswobodzenia, by uzyskać możliwość aktywnego włączenia się w walkę przeciwko władzy radzieckiej". W opinii prokuratora IPN, "fizyczna eliminacja tych osób miała zapobiec w przyszłości odrodzeniu, z wykorzystaniem ich potencjału intelektualnego, polskiej państwowości", co jej zdaniem, świadczy o tym, że decyzja o rozstrzelaniu polskich jeńców wojennych została podjęta "w zamiarze zniszczenia siły Narodu Polskiego, unicestwienia jego elit". "Potwierdzeniem tej tezy jest staranna selekcja osób, które miano rozstrzelać spośród setek tysięcy innych Polaków znajdujących się w sowieckich więzieniach i obozach, dokonywana w oparciu o ich status społeczny, zawodowy i pełnione funkcje" - podaje Kuźniar-Plota. Zaznacza, że uprawnione jest zatem twierdzenie, że "zabójstwa, których następnie dopuścili się funkcjonariusze NKWD, motywowane były zamiarem wyniszczenia części polskiej grupy narodowej". "Z tych też względów czyny te wyczerpywały znamiona zbrodni ludobójstwa, określonej w art. II Konwencji w sprawie zapobiegania i karania zbrodni ludobójstwa" - dodaje prokurator IPN. W świetle treści postanowienia IPN o wszczęciu śledztwa ws. katyńskiego mordu, zbrodnia ta "jest również zbrodnią wojenną" zgodną z art. 123 Kodeksu karnego, który dotyczy "przestępstw przeciwko pokojowi, ludzkości oraz przestępstw wojennych". Według IPN, przepisy art. 123 Kodeksu karnego pkt. 3 i 4 mają zastosowanie ws. zbrodni katyńskiej, ponieważ chronią "jeńców wojennych i ludność cywilną obszaru okupowanego". Jak podaje Kuźniar-Plota, funkcjonariusze Związku Sowieckiego dopuszczając się zbrodni katyńskiej "dokonali bezprawia polegającego na umyślnym pozbawieniu życia tysięcy polskich jeńców wojennych i osób spośród ludności cywilnej, stanowiącego zbrodnię wojenną". Prokurator IPN podkreśla także, że z punktu widzenia prawa międzynarodowego zbrodnia katyńska pozostaje w ścisłym związku z napaścią ZSRR, dokonaną w dniu 17 września 1939 r. na Polskę. "Przekroczenie granic przez Armię Czerwoną stanowiło jawne pogwałcenie nienaruszalności terytorium państwa polskiego i stanowiło faktyczne wszczęcie działań wojennych, wywołujące równocześnie stan wojny pomiędzy obu krajami" - uważa Kuźniar-Plota. W jej opinii, mord katyński naruszał obowiązujące wówczas "artykuły od 4 do 20 Regulaminu dotyczącego praw i zwyczajów wojny lądowej (zwanego Regulaminem Haskim), stanowiącego załącznik do IV Konwencji Haskiej z dnia 18 października 1907 r. oraz Konwencji Genewskiej z dnia 27 lipca 1929 r., dotyczącej traktowania jeńców wojennych". Zdaniem prokurator IPN, pomimo tego, że sowiecka Rosja w tym czasie nie była stroną tych umów, nie wyłącza - zgodnie z orzecznictwem m.in. Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w Norymberdze - z możliwości pociągnięcia jej obywateli do odpowiedzialności za zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko ludzkości. W uzasadnieniu przyjętej w śledztwie IPN kwalifikacji prawnej zbrodni katyńskiej podano, że poza "ludobójstwem" i zbrodnią wojenną" była to również "zbrodnia przeciwko pokojowi", a także "zbrodnia przeciwko ludzkości", co pozostaje w zgodzie z Kartą Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w Norymberdze. "W kontekście przyjętych regulacji stwierdzić należy, że zabójstwa na osobach spośród polskiej ludności cywilnej, dokonane przez funkcjonariuszy NKWD realizujących uchwałę Biura Politycznego KC WKP(b) z dnia 5 marca 1940 r. odpowiadają w pełni rozumieniu zbrodni przeciwko ludzkości opisanej w art. VI c Karty Międzynarodowego Trybunału Wojskowego, obejmującej +morderstwa, wytępianie, obracanie ludzi w niewolników, deportacje i inne czyny nieludzkie, których dopuszczono się przeciwko jakiejkolwiek ludności cywilnej, przed wojną lub podczas niej, (...) niezależnie od tego, czy było to zgodne, czy też stało w sprzeczności z prawem kraju, w którym zbrodni dokonano+" - uzasadnia prawną kwalifikację Kuźniar-Plota. Z kwalifikacją prawną zbrodni katyńskiej jako ludobójstwa nie zgadza się rosyjski wymiar sprawiedliwości. W 2005 r. Naczelna Prokuratura Wojskowa Federacji Rosyjskiej wyraziła opinię, że mord katyński nie był ludobójstwem. Pełniący wówczas funkcję naczelnego prokuratora wojskowego gen. Aleksander Sawienkow powiedział, że "w mordzie NKWD na polskich oficerach nie było żadnych znamion ludobójstwa". "Działania, których dopuszczono się wtedy, nie są nawet bliskie pojęciu ludobójstwa. Nie ma żadnych podstaw, by mówić, że wówczas dopuszczono się działań, które później, w toku procesu norymberskiego, zostały uznane przez wspólnotę międzynarodową za ludobójstwo" - oświadczył Sawienkow i dodał, że ten "stanowczy pogląd" opiera na "całokształcie wiedzy prawniczej i opinii o ludobójstwie, zgromadzonych przez ludzkość". W jego opinii, zbrodnia katyńska była "przestępstwem kryminalnym, wojskowym przestępstwem urzędowym, polegającym na bezprawnym wydaniu rozkazu, co stanowiło przekroczenie uprawnień służbowych przez szereg wysokiej rangi urzędników". Ponadto Sawienkow oświadczył, że decyzja o umorzeniu śledztwa, które prowadziła Naczelna Prokuratura Wojskowa Rosji, jest zgodna nie tylko z prawem rosyjskim, lecz także z normami prawa międzynarodowego. Dodatkowo w 2006 r. Naczelna Prokuratura Wojskowa Rosji oświadczyła, iż ofiary zbrodni katyńskiej nie były ofiarami represji stalinowskich. Jak podaje w jednym z opracowań tomu "Zbrodnie przeszłości" pracownik IPN Witold Wasilewski, rosyjska prokuratura ponadto "podała niemożność ustalenia kwalifikacji prawnej, na podstawie której skazano na śmierć Polaków wziętych do niewoli po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 r.". W ten sposób - jak zaznacza Wasilewski - Rosja definitywnie odmówiła uznania masakry polskich jeńców za mord masowy wedle którejkolwiek ze stosowanych w prawie międzynarodowym i krajowym kwalifikacji prawnych: represji stalinowskiej, zbrodni wojennej, zbrodni przeciw ludzkości, ludobójstwa. Wcześniej jednak niektórzy prawnicy rosyjscy podejmowali próby zakwalifikowania zbrodni katyńskiej jako zbrodni przeciwko pokojowi i zbrodni przeciwko ludzkości. Jak pisze Władimir Abarinow w książce "Oprawcy z Katynia", 2 sierpnia 1993 r. zespół ekspertów przy Głównej Prokuraturze Wojskowej Federacji Rosji opublikował raport końcowy w sprawie kwalifikacji prawnej zbrodni katyńskiej. W pkt. 6 stwierdzano: "Zamordowanie w kwietniu-maju 1940 r. 14 522 jeńców z kozielskiego, starobielskiego i ostaszkowskiego obozu Zarządów NKWD obwodów smoleńskiego, kalinińskiego i charkowskiego oraz w tym samym czasie 7305 więźniów z aresztów śledczych NKWD Zachodniej Białorusi i Zachodniej Ukrainy, po którym nastąpiła masowa deportacja ich rodzin w głąb ZSRR - było najcięższą zbrodnią przeciwko pokojowi, przeciwko ludzkości". Autor książki "Oprawcy z Katynia" zwraca również uwagę na fakt, że rosyjski prokurator wojskowy Anatolij Jabłokow, zamykając śledztwo latem 1994 r., umorzył sprawę z powodu śmierci winnych. W decyzji tej stwierdził, że Stalin i jego współpracownicy, a także szefowie NKWD-NKGB i MGB ZSRR oraz wykonawcy egzekucji są winni popełnienia zbrodni z art. 6 par. a,b (zbrodnie przeciwko pokojowi, ludzkości, zbrodnie wojenne) określonych w Statucie Międzynarodowego Trybunału Wojskowego w Norymberdze oraz winni ludobójstwa obywateli polskich. Ponieważ ówczesny rosyjski kodeks karny nie przewidywał tego rodzaju zbrodni, Jabłokow domagał się uznania ich za zbrodnie ludobójstwa przez najwyższe władze państwowe. Jak podkreśla Abarinow, to jak dotąd jedyne oficjalne stanowisko strony rosyjskiej uznające zbrodnię katyńską za nieulegającą przedawnieniu zbrodnię ludobójstwa. Do zbrodni katyńskiej doszło po sowieckiej agresji na Polskę 17 września 1939 roku, kiedy do niewoli w ZSRR dostało się ok. 15 tys. oficerów. Decyzja o ich wymordowaniu - jako wrogów komunizmu i Związku Radzieckiego - zapadła na najwyższym szczeblu. Zgodnie z dekretem władz ZSRR, podpisanym przez Stalina 5 marca 1940 roku, NKWD rozstrzelało wiosną tego roku ok. 22 tys. obywateli polskich, w tym 15 tys. oficerów, policjantów, funkcjonariuszy straży granicznej i służby więziennej.