Hiszpański wywiad uważa, że separatystami kierują dawni liderzy Herri Batasuna - partii uznawanej za polityczne ramię ETA. Od początku swojego istnienia, a więc od 40 lat, centrum zarządzania ETA mieściło się we Francji. Najpierw blisko granicy, a potem w Paryżu. Od chwili zerwania zawieszenia broni separatyści zarządzani są z Hiszpanii. Liderzy ETA nie przekroczyli Pirenejów - zapewniają hiszpańskie służby bezpieczeństwa. Ich zdaniem, organizacją kierują teraz tzw. legalni, czyli osoby, które mają czyste kartoteki, prowadzą normalne życie i nie muszą się ukrywać. We Francji pozostali separatyści poszukiwani przez policję. Żeby zachować anonimowość, przywódcy ETA nie kontaktują się bezpośrednio z komando, czyli z oddziałami. Ze swoimi podwładnymi porozumiewają się przez Internet.