Rozmowa prezydenta z McChrystalem trwała około pół godziny. Wcześniej generał spotkał się z ministrem obrony Robertem Gatesem. Jeszcze we wtorek wieczorem (czasu USA) McChrystal oświadczył, że przedstawi prezydentowi swoją rezygnację, ale nie wiadomo było, czy Obama ją przyjmie. Prezydent ma ogłosić swoją decyzję w najbliższych godzinach. Jak zapowiedziano, dowódca wojsk w Afganistanie nie weźmie udziału w planowanej na środę naradzie prezydenckiego zespołu ds. bezpieczeństwa narodowego. Zwykle w takich spotkaniach uczestniczył. Powodem kontrowersji stał się artykuł w tygodniku "Rolling Stone", oparty na wywiadach autora z McChrystalem i jego podwładnymi w Afganistanie. Znalazły się w nim krytyczne opinie tych ostatnich o najbliższych współpracownikach prezydenta. Jego doradca ds. bezpieczeństwa narodowego, emerytowany generał James Jones został nazwany "błaznem", a nazwisko wiceprezydenta Joe Bidena było przedmiotem dowcipów. Autor artykułu napisał też, że w czasie pierwszego spotkania Obamy z McChrystalem ten ostatni odniósł wrażenie, że prezydent był "onieśmielony" rozmową z wojskowymi i nie bardzo się orientował, kim McChrystal jest. Generał nie zdementował treści artykułu i przeprosił we wtorek prezydenta. Został jednak wezwany do Waszyngtonu. We wrześniu ub.r. McChrystal naraził się już prezydentowi, kiedy publicznie sugerował, że nie zgadza się z Bidenem, który proponował redukcję wojsk w Afganistanie. Obama ostatecznie zgodził się na plan McChrystala, aby zwiększyć liczbę wojsk o 30 tysięcy żołnierzy, i na jego plan strategiczny w Afganistanie. Ostatnio jednak sytuacja na froncie w tym kraju się pogarsza - rosną straty sił USA i NATO i siły koalicyjne przesunęły na później planowaną ofensywę na południu kraju. Większość komentarzy po kontrowersji z artykułem wyraża pogląd, że Obama powinien zwolnić generała McChrystala za niesubordynację i podważanie autorytetu prezydenta-wodza naczelnego. Takie są też przewidywania.