Bezpośrednią przyczyną epidemii jest brak wody pitnej na terenach objętych największą w dziejach tych terenów powodzią. Światowa Organizacja Zdrowia, zajmująca się pomocą dla ofiar klęski, wskazuje na bardzo dużą śmiertelność chorych w Sudanie - wynoszącą aż 6-7 procent.