W patriarchalnej cerkwi św. Jerzego papież wziął udział w liturgii, podczas której została ogłoszona jego wspólna deklaracja z Bartłomiejem I. Kilkugodzinne nabożeństwo odprawiano w święto św. Andrzeja Apostoła, brata św. Piotra i patrona prawosławnych. Benedykt XVI do kościoła przybył już w czasie trwania liturgii, w której uczestniczyło wielu dostojników cerkiewnych. Ze względu na różnice teologiczne między Kościołem rzymskim a prawosławnym papież jedynie uczestniczył w nabożeństwie, lecz go nie prowadził. W czasie mszy Benedykt XVI miał na sobie białą szatę, okrytą krótką czerwoną peleryną podbijaną gronostajami. Przed wejściem do świątyni wymienił z Bartłomiejem uściski. W deklaracji wyrażają wolę osiągnięcia dalszych postępów w zbliżeniu między Kościołami katolickimi i prawosławnym. Benedykt XVI i Bartłomiej I pozytywnie ocenili proces tworzenia Unii Europejskiej, wskazując zarazem na potrzebę uwzględniania w procesie jednoczenia Europy praw mniejszości religijnych, ich tradycji kulturalnych i ich specyfiki religijnej. Zaakcentowali również, że "katolicy i prawosławni są powołani do podejmowania wspólnie działań na rzecz poszanowania praw człowieka, każdego ludzkiego istnienia, stworzonego na obraz i podobieństwo Boga, jak również na rzecz rozwoju gospodarczego, społecznego i kulturalnego". Deklaracja wyraża także wspólną troskę obu Kościołów o losy Bliskiego Wschodu, "gdzie nasz Pan mieszkał, cierpiał i umarł, a następnie zmartwychwstał i gdzie od tylu wieków żyje rzesza naszych chrześcijańskich braci". Benedykt XVI i Bartłomiej I apelują o współistnienie między różnymi narodami, Kościołami i religiami, które tam istnieją. Obserwatorzy zwracają m.in. uwagę, że podczas gdy ankarskie rozmowy papieża z najwyższymi dostojnikami jedynego laickiego państwa muzułmanów i z najwyższymi przedstawicielami islamskiego duchowieństwa Turcji śledził z uwagą cały świat muzułmański, drugi, stambulski etap podróży - "ekumeniczny" - wywołuje ogromne zainteresowanie w Moskwie, która uważa się za stolicę prawosławia. Po ceremonii w cerkwi św. Jerzego Benedykt XVI pojedzie do świątyni-muzeum Hagia Sophia oraz odwiedzi położony w jej pobliżu słynny Błękitny Meczet. Wizytę w meczecie dodano niemal w ostatniej chwili do programu podróży. Hagia Sophia - kościół Świętej Mądrości - to wspaniała świątynia bizantyjska, ufundowana przez Justyniana I Wielkiego, wybudowana w latach 532-537. Po zajęciu Konstantynopola przez Turków w 1453 roku została zamieniona na meczet Aya Sofya - wtedy m.in. dobudowano minarety. Od roku 1934 - muzeum. Błękitny Meczet, zbudowany w XVII wieku, jest jednym z najwspanialszych przykładów klasycznego okresu sztuki islamskiej w Turcji i był najważniejszym meczetem Imperium Osmańskiego. Wzniesiono go na polecenie sułtana Ahmeda I, którego ambicją było stworzyć budowlę wspanialszą od świątyni Hagia Sophia. Benedykt XVI przekroczy próg meczetu jako drugi biskup Rzymu w dziejach papiestwa; pierwszy uczynił to Jan Paweł II w maju 2001 roku w Damaszku w Syrii. Czwartkowy program papieskiej wizyty w mieście nad Bosforem przewiduje ponadto wizytę w katedrze Ormian i rozmowę z ich patriarchą Mesrobem II. Benedykt XVI spotka się również z metropolitą Syryjskiego Kościoła Prawosławnego, wielkim rabinem Turcji i członkami episkopatu Kościoła katolickiego w Turcji.