Sisi sprawował naczelne dowództwo nad siłami zbrojnymi, gdy w sierpniu 2013 roku odsunęły one od władzy wywodzącego się z islamistycznego Bractwa Muzułmańskiego prezydenta Mohammeda Mursiego. Właśnie obalenie Mursiego, po wielu miesiącach ulicznych protestów antyrządowych, przysporzyło Sisiemu popularności. W wyborach zdobył 96,9 procent głosów, eliminując całkowicie opozycję ze sceny politycznej. Frekwencja wyniosła ok.47 proc. By móc ubiegać się o urząd głowy państwa, Sisi zrezygnował pod koniec marca ze stanowisk ministra obrony i naczelnego dowódcy sił zbrojnych. Od obalenia Mursiego w lipcu 2013 roku w Egipcie zginęło 1,4 tys. ludzi, w większości zwolenników byłego prezydenta, a 15 tys. aresztowano. Setki islamistów skazano na śmierć w zbiorowych procesach, które zostały potępione przez społeczność międzynarodową. Islamistyczne Bractwo Muzułmańskie zdelegalizowano jako "organizację terrorystyczną".