Shahzad, naturalizowany Amerykanin pakistańskiego pochodzenia, został aresztowany w dwa dni później na lotnisku J.F. Kennedy'ego, skąd zamierzał uciec samolotem do Pakistanu. Przed sądem terrorysta nie okazał żadnej skruchy, a nawet oświadczył, że "klęska USA jest nieuchronna". Shahzadowi postawiono 10 zarzutów, m.in. próby masowego zabójstwa z użyciem broni masowego rażenia oraz spiskowania przeciw USA z międzynarodowymi terrorystami. Terrorysta przyznał się do winy we wszystkich punktach aktu oskarżenia i powiedział, że gdyby nie został schwytany, zamierzał przeprowadzić także następny atak. Kiedy sędzia zapytał go, czy otrzymując obywatelstwo amerykańskie składał przysięgę na wierność Ameryce, odpowiedział: "Tak, ale nie miałem na myśli tego, co przysięgałem". Shahzad skrupulatnie planował zamach na Times Square - kupił nawet kamerę wideo, by filmować plac w celu zorientowania się, w jakim jego miejscu koncentruje się największy ruch pieszy. Przewidywał, że bomba zabije co najmniej 40 osób. Ładunek wybuchowy umieścił w samochodzie zaparkowanym na ulicy przy placu. Eksplozja jednak nie nastąpiła. Shahzad spędził 40 dni w obozie szkoleniowym dla terrorystów w Pakistanie w pobliżu granicy z Afganistanem w 2009 r.