Na czele projektowanego centrum miałby stanąć minister obrony jednego z państw Unii. Zebrany przez niego zespół miałby sporą autonomię, a także niezależną agencję wywiadowczą. Szczegóły tych planów mają zostać opublikowane w ramach "Konwencji na temat Przyszłości Europy" i stać się podwalinami wojskowej sekcji przyszłej europejskiej konstytucji. W roboczej wersji dokumentu czytamy, że świat tak bardzo i gwałtownie zmienił się od czasu zamachów na Stany Zjednoczone z 11 września, że obrona narodowa nie jest wystarczająca. Propozycje stworzenia Euro-Pentagonu wywołały już jednak obawy zwłaszcza w krajach Unii nie należących do NATO, czyli Austrii, Szwecji, Finlandii i Irlandii.