Izrael oskarżał Barghoutiego o kierowanie bojówkarzami Fatah, którzy mają na swoim koncie dziesiątki ataków terrorystycznych przeciwko Izraelczykom. On sam zaprzeczał tym oskarżeniom. Brak na razie bliższych szczegółów na temat tej operacji. Wiadomo jednak, że Barghouthie ukrywał się w pobliżu otoczonej przez wojsko kwatery Jasera Arafata w Ramallah. Niektóre źródła twierdzą nawet, że przebywał w tym samym budynku co lider Autonomii. Dla Palestyńczyków ujęcie Barghouthiego stanowi poważny cios, gdyż to on właśnie inspirował wiele zamachów terrorystycznych. Przypuszczalnie Barghouthie postawiony zostanie przed sądem w Izraelu.