Ciało złożone było w owiniętej flagami Polski i Pakistanu białej trumnie. W ceremonii powitania uczestniczyła m.in. rodzina, wiceminister spraw zagranicznych Andrzej Kremer, odpowiadający w kancelarii premiera za służby specjalne Jacek Cichocki oraz przedstawiciele firmy Geofizyka Kraków, w której pracował Stańczak. Honor zmarłemu oddali ustawieni w szpalerze żołnierze; do trumny podeszła najpierw rodzina, później przedstawiciele polskich i pakistańskich władz, następnie odmówiona została modlitwa. Prokurator Robert Majewski, nadzorujący pion do walki z przestępczością zorganizowaną w stołecznej prokuraturze apelacyjnej powiedział PAP, że sekcja zwłok zamordowanego Polaka została przeprowadzona jeszcze w środę. "Rodzina będzie mogła odebrać ciało, kiedy tylko wyrazi taką wolę, być może już jutro" - powiedział Majewski. Po ceremonii na lotnisku przedstawiciele polskiego i pakistańskiego MSZ zapewniali, że nie będą ustawać w poszukiwaniu sprawców tej tragicznej śmierci. "Zarówno organy pakistańskie, jak i polskie MSZ, prokuratura i inne instytucje będą podejmować wszelkie działania, aby doprowadzić do odnalezienia i ukarania sprawców" - mówił dziennikarzom na lotnisku Kremer. Wiceszef MSZ zapowiedział, że w najbliższych dniach upubliczniony zostanie raport dotyczący działań służb w sprawie uwolnienia Polaka. Kremer dziękował władzom Pakistanu za transport zwłok rządowym samolotem oraz oficjalny ceremoniał pożegnania. Minister stanu w pakistańskim MSZ Khan Nawabzada Malik Amad, który przyleciał do Warszawy deklarował, że Pakistan będzie współpracował z polskimi prokuratorami prowadzącymi śledztwo w tej sprawie. "Chcemy się przyczynić do tego, aby ukarać winnych tego brutalnego morderstwa" - podkreślił. Amad wyraził żal, że mimo największych wysiłków nie udało się ocalić Polaka. "W imieniu prezydenta, premiera i rządu Pakistanu, a także narodu pakistańskiego chciałbym wyrazić kondolencje z powodu brutalnego morderstwa Piotra Stańczaka" - mówił. Pakistański wiceminister SZ uchylił się od odpowiedzi, czy jego kraj zapłacił za wydanie zwłok. "Od momentu porwania wszystkie nasze służby, policja próbowały robić wszystko co w ich mocy, aby odnaleźć porwanego. Po jego morderstwie również nie ustawaliśmy w wysiłkach. Teraz doszło do zakończenia tego procesu" - powiedział. Amad ocenił, że osoby, odpowiedzialne za śmierć polskiego geologa chcą "wbić klin" między Polskę a Pakistan. Zapowiedział, że jego kraj nie ustanie w walce z terroryzmem dopóki nie zostanie on wykorzeniony. Samolot pakistańskich sił powietrznych Herkules C-130 z ciałem Polaka wylądował w Warszawie kilka minut po godz. 6, o godzinę wcześniej niż planowano. Lot z bazy lotniczej Chaklala koło Islamabadu do Polski trwał ponad 12 godzin; na pokładzie samolotu trumnie z ciałem Polaka towarzyszyli m.in. żołnierze armii pakistańskiej. Przed odlotem samolotu z ciałem Piotra Stańczaka w Pakistanie odbyła się ceremonia pożegnalna z pełnym ceremoniałem wojskowym. Na uroczystości pożegnania był obecny federalny minister ds. wewnętrznych - Rehman Malik i sekretarz stanu ds. wewnętrznych w MSW - Syed Kamal Shah oraz dyrektor generalny ds. Europy w MSZ - Mazher Javed, a także członkowie oficjalnej delegacji udającej się do Polski, tj. minister stanu w MSZ - Khan Nawabzada Malik Amad i dyr. gen. w MSZ - Kazi Imtiaz Ahmed. Z polskiej strony byli obecni: ambasador Krzysztof Dębnicki, radca Wiesław Kucharek i dyrektor Geofizyki Kraków Oddział w Islamabadzie - Ivan Vrubel. Piotr Stańczak został porwany przez talibów jesienią ubiegłego roku. W zamian za jego uwolnienie terroryści domagali się zwolnienia z więzień swoich towarzyszy. Wobec niespełnienia tych żądań przez pakistańskie władze, 7 lutego ogłosili, że Polak został zabity.