Zanieczyszczeniem zagrożone są rodzime gatunki ryb - głównie węgorze - oraz żaby. Rzeka może również narazić na niebezpieczeństwo ostrygi i małże w chorwackich zatokach morskich. Ekolodzy są zgodni, że szczególnie niepokojące jest odkładanie się metali ciężkich w korytach Neretwy, które zanieczyszcza odprowadzanie ścieków z okolicznych zakładów przemysłu metalurgicznego. Alarmują, że problem potęguje fakt rzadkiego przeprowadzania inspekcji mających określić poziom zanieczyszczenia wody w rzece i ilość wpuszczanych do niej metali. Metale powodują ciężki choroby "Każdy wzrost stężenia metali ciężkich w glebie, wodzie i powietrzu zagraża zdrowiu ludzi, a zwłaszcza dzieci, u których może powodować poważne zaburzenia rozwoju neurologicznego. Metale ciężkie powodują choroby płuc i nerek, uszkodzenia genetyczne, zmniejszają płodność i zwiększają ryzyko zachorowania na raka, a gdy dotrą do gleby lub wody, zostają tam na zawsze" - przypomniał chorwacki dziennik, powołując się na Agencję ds. obszaru wodnego Morza Adriatyckiego. Azotany i fosforany w Neretwie sprzyjają rozwojowi inwazyjnych gatunków roślin. Jest to tzw. syndrom przerostu gatunkami inwazyjnymi, zaburzający naturalną równowagę w korycie rzeki.