Prokuratura Generalna Rosji oskarżyła ich o to, że - działając w zorganizowanej grupie przestępczej - w 1998 roku zagarnęli, a następnie zalegalizowali akcje spółki Wostocznaja Nieftianaja Kompania (WNK) na sumę 3,6 mld rubli (103,5 mln dolarów). Natomiast w latach 1998-2003 jakoby przywłaszczyli sobie prawie 350 mln ton ropy naftowej należącej do kilku spółek-córek Jukosu, a także wyprali 487 mld rubli (14 mld USD) i 7 mld dolarów. Obaj od maja 2005 roku odbywają już kary po 8 lat łagru za rzekome oszustwa podatkowe i uchylanie się od płacenia podatków. Prokurator Walerij Łachtin wniósł o zaliczenie im na poczet nowych kar okresu, jaki upłynął od ich aresztowania w 2003 roku. Oznacza to, że jeśli Sąd Rejonowy w Moskwie przychyli się do wniosku oskarżycieli, Chodorkowski i Lebiediew wyjdą na wolność w 2017 roku. Łachtin poprosił też sąd, aby ten, wymierzając kary, uwzględnił okoliczności łagodzące: posiadanie przez obu podsądnych nieletnich dzieci, a w wypadku Lebiediewa - także chroniczne choroby, na które cierpi. Prokuratorzy wycofali również zarzut przywłaszczenia akcji WNK, uznając, że czyn ten uległ przedawnieniu. Zmniejszyli też ilość rzekomo zagarniętej przez dwóch przedsiębiorców ropy z 350 mln ton do 281 mln ton. Oskarżyciele wyjaśnili, że w toku śledztwa popełniono "błędy arytmetyczne". Ponadto niektóre epizody nie znalazły potwierdzenia w postępowaniu sądowym. Chodorkowski i Lebiediew konsekwentnie odrzucają wysunięte wobec nich zarzuty, uważając je za sfabrykowane i politycznie umotywowane. Zdaniem ich adwokatów, biznesmeni teraz zostali faktycznie oskarżeni o zdefraudowanie całej ropy wydobytej przez Jukos w ciągu sześciu lat i wypranie zysków z niej. Nowy proces Chodorkowskiego i Lebiediewa trwa od marca 2009 roku. Powstały w 1993 roku Jukos stał się z czasem jednym z największych koncernów naftowych w Rosji. Jednak w 2003 roku popadł w konflikt z Kremlem. Chodorkowski i jego partner Lebiediew zostali aresztowani. W 2006 roku sąd w Rosji ogłosił upadłość Jukosu. Jego najcenniejsze aktywa przejął kontrolowany przez państwo koncern Rosnieft.