Więzienie dla podejrzanych o terroryzm, schwytanych głównie w Afganistanie i Pakistanie, zorganizowano w bazie Guantanamo w 2002 r. Od początku budziło kontrowersje i krytykę ze strony obrońców praw człowieka. Niewielkiej części z przetrzymywanych przedstawiono formalne zarzuty. Dopiero w 2006 roku uznano, że przysługują im prawa wynikające z Konwencji Genewskich. W wywiadzie dla ABC Cheney przyznał, że wiedział o tym, że wobec jednego z najważniejszych jeńców, Chalida Szejka Mohameda stosowana była technika "waterboarding" (podtapiania). Dodał, że uznaje zastosowanie tej metody przesłuchania za właściwe. W innym wywiadzie radiowym zaś Cheney określił Guantanamo jako "bardzo, bardzo cenne" i dodał: "(administracja Obamy) przekona się, że starania, by je zamknąć będą bardzo trudnym przedsięwzięciem". Prezydent-elekt Barack Obama zapowiedział, że zamknie Guantanamo, gdzie obecnie jest przetrzymywanych około 250 domniemanych terrorystów.