Jest on jednym z 17 dowódców i oficerów 5. korpusu armii bośniackiej z okresu wojny na Bałkanach oskarżonych o popełnienie "zbrodni przeciwko ludzkości, w tym zabójstw ponad 300 osób, prześladowań i znęcania się nad ludnością cywilną" - podał prokurator. Ofiary to według prokuratury "głównie osoby starsze, jeńcy wojenni" Dudaković dowodził w czasie wojny enklawą Bihać w północno-zachodniej części kraju. Po wojnie był dowódcą armii federacji chorwacko-muzułmańskiej w BiH. Do zbrodni miało dojść głównie na Serbach w północno-zachodniej Bośni oraz na cywilach z regionu w zachodniej Bośni, w którym miejscowi Bośniacy proklamowali w 1993 r. "okręg autonomiczny" niezależny od Sarajewa. Prowadzone śledztwo oparte jest na setkach zeznań, nagrań wideo i innych dowodach. Dwaj szefowie sztabu armii bośniackiej z czasów wojny Rasim Delić i Sefer Halilović zostali osądzeni w Hadze przez międzynarodowy trybunał ds. zbrodni wojennych w dawnej Jugosławii. Delić został skazany w pierwszej instancji w 2008 roku na trzy lata więzienia. Zmarł w kwietniu 2010 roku, zanim doszło do rozprawy apelacyjnej. Halilović został uniewinniony i zwolniony w listopadzie 2005 roku. Dowódca 3. korpusu armii bośniackiej Sakib Mahmuljin jest sądzony od marca 2016 roku przed sądem w Sarajewie. Zarzuca mu się, że nie przeszkodził we wrześniu 1995 roku w zabiciu 52 serbskich jeńców wojennych w rejonie miejscowości Vozucia i Zavidovići na północy BiH przez jednostkę mudżahedinów, która wstąpiła w szeregi sił bośniackich. W Sarajewie trwa też ponowny proces Nasera Oricia, "obrońcy Srebrenicy". Wcześniej trybunał w Hadze sądził go jako jednego z nielicznych Bośniaków (Muzułmanów) i skazał na dwa lata więzienia. Jednak w postępowaniu odwoławczym uwolniono go w 2008 roku od tych zarzutów. Generał dowodził obroną Srebrenicy, wówczas muzułmańskiej enklawy w BiH, podczas trzyletniego serbskiego oblężenia, wyrastając w oczach Bośniaków na bohatera. Po zajęciu Srebrenicy w 1995 roku siły Serbów bośniackich dokonały masakry blisko 8 tys. muzułmańskich mężczyzn i chłopców. Trwająca kilka dni masakra została przez trybunał haski uznana za ludobójstwo, a dzień jej rozpoczęcia jest w BiH dniem żałoby narodowej. Wojna wybuchła w 1992 roku, gdy BiH ogłosiła niepodległość, wywołując rebelię bośniackich Serbów, którzy przejęli kontrolę nad ponad połową kraju. Zginęło w niej ok. 100 tys. osób. Porozumienie pokojowe podpisano w 1995 roku, a na jego mocy BiH dzieli się na dwie autonomiczne części: Republikę Serbską i federację muzułmańsko-chorwacką.