W 2007 roku, już po odejściu z CIA, w wywiadzie dla telewizji ABC Kiriakou skrytykował stosowaną przez agencję po ataku terrorystycznym na USA 11 września 2001 r. metodę przesłuchań znaną jako "waterboarding". Polega ona na podtapianiu podejrzanych poprzez wlewanie im do ust wody po przywiązaniu do deski głową w dół. W późniejszej wymianie e-maili z innym reporterem były agent ujawnił nazwisko swego kolegi z CIA, który uczestniczył w "waterboardingu" i który nadal pracował w CIA. Oskarżono go wtedy o złamanie przepisów ustawy o ochronie tożsamości pracowników wywiadu. Adwokaci Kiriakou próbowali go bronić, argumentując, że chciał tylko ujawnić brutalne metody przesłuchań stosowane przez CIA, powszechnie uznane za tortury. Utrzymywali też, że ich klient nie wiedział, iż zdemaskowany przez niego funkcjonariusz nadal działa jako tajny agent. W styczniu 2012 r. Kiriakou został formalnie oskarżony o ujawnienie tożsamości tajnego agenta, którym był Deuce Martinez. Wraz z Kiriakou brał on udział w akcji schwytania domniemanego członka Al-Kaidy, Abu Zubajdy, wobec którego podczas przesłuchań stosowano podtapianie. Kirakou przyznał się do winy, dzięki czemu uniknął procesu i surowszego wyroku. Sędzia Leonie Brinkema powiedziała w piątek po ogłoszeniu wyroku, że uważa go za "zbyt łagodny" - ale taki właśnie ustalono wcześniej na podstawie umowy prokuratury z obrońcami oskarżonego. Jak zwracają uwagę komentatorzy, skazanie Kiriakou jest przejawem polityki surowszego ścigania przecieków z rządu, zainicjowanej przez administrację prezydenta Baracka Obamy. Od 2009 r. postawiono zarzuty już pięciu obecnym lub byłym funkcjonariuszom rządowym za przekazanie mediom tajnych informacji. Liczba takich oskarżeń jest większa, niż pod rządami wszystkich poprzednich administracji łącznie.