Williamson zaadresował list do kardynała Dario Castrillona Hoyosa, przewodniczącego Papieskiej Komisji "Ecclesia Dei" do spraw dialogu z lefebrystami. Przeprosił w nim za słowa, jakie wypowiedział w wywiadzie dla szwedzkiej telewizji, w którym zanegował istnienie komór gazowych. "Pośród tej strasznej burzy, wywołanej przez moje nieostrożne komentarze dla szwedzkiej telewizji, z należnym szacunkiem proszę eminencję o przyjęcie moich szczerych wyrazów bólu z powodu niepotrzebnych obaw i problemów, których przysporzyłem eminencji i Ojcu Świętemu" - napisał bp Williamson do kardynała Hoyosa. Dodał następnie: "Dla mnie to, co naprawdę ma znaczenie, to Prawda Wcielona i dobro Jej jedynego prawdziwego Kościoła, poprzez który tylko możliwe jest zbawienie naszych dusz i danie naszej wiecznej chwały, w nasz skromny sposób, Bogu Wszechmogącemu". "Dlatego uczynię tylko jeden komentarz, zaczerpnięty z proroka Jonasza: Weźcie mnie i rzućcie w morze, a przestaną się burzyć wody przeciw wam, ponieważ wiem, że z mojego powodu tak wielka burza przeciw wam powstała" - głosi list. Odnosząc się do niedawnego dekretu Benedykta XVI o zdjęciu ekskomuniki z czterech biskupów lefebrystów, wśród nich także jego samego, biskup Williamson podkreślił: "Proszę eminencję także o przyjęcie i przekazanie Ojcu Świętemu mego szczerego uznania dla tego dokumentu". Zadeklarował na zakończenie, że odprawi mszę w intencji kardynała Hoyosa i papieża. W liście biskup Williamson przeprosił ogólnikowo za wywiad dla szwedzkiej telewizji, ale nie odniósł się do istoty swej wypowiedzi, a mianowicie swego stosunku do holokaustu, który w przeszłości kilkakrotnie zanegował. Jego słowa wywołały bardzo poważne napięcia między Watykanem a środowiskami żydowskimi na świecie, a także groźbę zerwania kontaktów ze Stolicą Apostolską przez rabinat Izraela. Na temat negacjonistycznych wypowiedzi biskupa lefebrysty Benedykt XVI wypowiedział się w środę podczas audiencji generalnej. Wyraźnie poruszony mówił: "W tych dniach, gdy wspominamy Szoah, przywołuję obrazy zapamiętane podczas moich licznych wizyt w Auschwitz, jednym z obozów, w których dokonał się bestialski masowy mord na milionach niewinnych ofiar ślepej nienawiści rasowej i religijnej. Ponawiając serdecznie moją pełną i bezdyskusyjną solidarność z naszymi braćmi, adresatami Pierwszego Przymierza, wyrażam pragnienie, aby pamięć o Szoah nakłoniła ludzkość do refleksji nad nieprzewidywalną potęgą zła, kiedy zdobywa ono serce człowieka". "Niech Szoah będzie dla wszystkich ostrzeżeniem przed zapomnieniem, negacją bądź redukcjonizmem, ponieważ przemoc użyta przeciwko jednej istocie ludzkiej jest przemocą wobec wszystkich" - podkreślił papież, odnosząc się do słów brytyjskiego biskupa lefebrysty.