Podczas swojej pielgrzymki Benedykt XVI prócz Warszawy odwiedził miasta i miejsca związane z osobą Jana Pawła II - Częstochowę, Wadowice, Kalwarię Zebrzydowską. Kraków oraz Oświęcim. Spotkanie z Lechem Kaczyńskim 25 maja 2006 roku papież przyleciał na lotnisko Warszawa-Okęcie. Wygłosił tam krótkie przemówienie, po czym swoim papamobile udał się do warszawskiej Katedry Archidiecezjalnej. Na trasie przejazdu zatrzymał się na chwilę przed Katedrą Polową Wojska Polskiego, gdzie biskup polowy gen. dyw. Tadeusz Płomski wręczył papieżowi kwiaty. Podczas wizyty w warszawskiej archikatedrze Benedykt XVI wygłosił przemówienie, w którym zwrócił uwagę na najważniejsze problemy w polskim Kościele. Tego dnia doszło również do spotkania papieża z polskim prezydentem Lechem Kaczyńskim oraz z jego rodziną i przedstawicielami władz polskich. Niezaplanowanym punktem programu wizyty było błogosławieństwo, którego Benedykt XVI udzielił w godzinach wieczornych zgromadzonym wiernym z balkonu Nuncjatury Apostolskiej. "Niech zstąpi Duch Twój..." 26 maja na pl. Piłsudskiego w Warszawie odbyła się msza święta, w której udział wzięło ponad 300 tys. wiernych, w tym pielgrzymi z Białorusi, Hiszpanii, Norwegii, Kanady, Nowej Zelandii i Ukrainy. Mimo padającego deszczu, wszyscy zgromadzeni wytrwali do końca nabożeństwa. Razem z papieżem liturgię odprawiało 120 kardynałów i biskupów z kraju i zagranicy. W homilii Benedykt XVI nawiązał między innymi do słów Jana Pawła II wypowiedzianych podczas jego pierwszej wizyty w ojczyźnie "Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi. Tej ziemi!". Dodatkowo podczas mszy papież ukoronował obraz Matki Bożej Trybunalskiej poświęcony w październiku 2004 roku przez Jan Pawła II. Tego samego dnia Benedykt XVI odwiedził sanktuarium na Jasnej Górze i odprawił nabożeństwo majowe z udziałem blisko 450 tys. wiernych. Wzruszony papież w Krakowie Wieczorem papież przyleciał do Krakowa i o godzinie 21:44 na 6 minut ukazał się w oknie Pałacu Arcybiskupiego i przemówił do licznie zgromadzonych wiernych. Ten punkt również nie był zaplanowany w programie wizyty papieża. W niedzielę rano na krakowskich Błoniach odbyła msza święta z udziałem ponad miliona osób. W homilii papież wspomniał, że z głębokim wzruszeniem sprawuje Eucharystię w miejscu, gdzie wielokrotnie czynił to jego poprzednik, Jan Paweł II. Mszę koncelebrowało blisko 1,9 tys. duchownych z Polski i 16 innych krajów. Na popołudnie zaplanowana była wizyta Benedykta XVI w byłym obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau. Podczas tej wizyty papież odwiedził m. in.: blok 11, czyli tzw. Blok Śmierci oraz Ścianę Straceń. Benedykt XVI przywitał się również z byłymi więźniami KL Auschwitz oraz udał się do celi, w której śmiercią męczeńską zginał św. Maksymilian Maria Kolbe. Benedykt XVI w Auschwitz: "Panie, dlaczego milczałeś" Po oficjalnej modlitwie w wielu językach Benedykt XVI stwierdził: "W miejscu takim jak to brakuje słów, a w przerażającej ciszy serce woła do Boga: Panie, dlaczego milczałeś? Dlaczego na to przyzwoliłeś? W tej ciszy chylimy czoło przed niezliczoną rzeszą ludzi, którzy tu cierpieli i zostali zamordowani. Cisza ta jest jednak głośnym wołaniem o przebaczenie i pojednanie, modlitwą do żyjącego Boga, aby na to nie pozwolił nigdy więcej". Był to ostatni punkt wizyty Benedykta XVI w Polsce, po której o godzinie 21:45 z lotniska Kraków-Balice papież odleciał do Rzymu.