Według agencji Badie został aresztowany w mieszkaniu w dzielnicy Nasr City na wschodzie Kairu. Doszło do tego, gdy aparat bezpieczeństwa otrzymał informacje o miejscu, w którym ukrywa się" Badie - dodała MENA. Oprócz niego aresztowano też dwóch wysokich rangą przywódców islamistycznego ruchu. Od wielu dni nie było wiadomo, gdzie przebywa duchowy przywódca Bractwa Muzułmańskiego. 10 lipca, tydzień po obaleniu islamistycznego prezydent Mohammeda Mursiego, Badie został oskarżony o podżeganie do aktów przemocy. 25 sierpnia ma ruszyć proces jego i innych członków Bractwa, z którego wywodzi się Mursi. Z fotela prezydenta usunęli Mursiego egipscy wojskowi po masowych protestach przeciwko jego rządom. Przeciwnicy zarzucali mu m.in. faworyzowanie Bractwa. Telewizje prywatne i publiczne, które popierają obecne wojskowe władze, w nocy pokazały zdjęcia prowadzonego przez policję i wyraźnie zmęczonego Badiego, który ubrany był w białą dżalabiję. Blok, w którym go aresztowano, mieści się w pobliżu meczetu Rabaa al-Adawija, przed którym podczas brutalnej likwidacji obozowiska zwolenników Mursiego 14 sierpnia zginęło ponad 280 osób. Od tego dnia w zamieszkach w Egipcie łącznie śmierć poniosło według oficjalnych danych 800-900 osób, w tym ponad stu żołnierzy i policjantów. Policja aresztowała ok. tysiąca sympatyków i członków Bractwa Muzułmańskiego. Badie już kilkakrotnie trafiał do więzienia. W latach 60. XX wieku był oskarżany o spiski mające na celu obalenie egipskich władz. Z czasem Badie, który niegdyś popierał rygorystyczny islam, przestał faworyzować gwałtowne przejęcie władzy i stał się zwolennikiem stopniowej islamizacji społeczeństwa.