Mahony - do 2011 roku głowa największej w USA archidiecezji Los Angeles - był oskarżany o to, że księdzu, który przed laty przyznał się przed nim do molestowania dzieci, pomógł uniknąć postawienia przed sądem. Najpierw skierował go do kościelnego ośrodka rehabilitacyjnego poza granicami Kalifornii, a później pozwolił mu wrócić do tej samej parafii. Sprawy objęte ugodą pochodzą z okresu 1974-2000. W jej ramach ani Mahony, ani były już ksiądz nie przyznali się do winy. Mahony jest od dawna oskarżany o tuszowanie licznych przypadków pedofilii w swej diecezji. Z tajnych dokumentów upublicznionych w styczniu wynika, że w latach 80. kardynał wysyłał księży oskarżanych o pedofilię poza Kalifornię. Po ujawnieniu dokumentów Mahony został odsunięty od wszelkich obowiązków administracyjnych i publicznych przez swego następcę, abpa Jose Gomeza. W związku z rolą, jaką odegrał Mahony w tuszowaniu skandali pedofilskich w swojej parafii, około 10 tys. osób podpisało w lutym petycję sprzeciwiającą się jego udziałowi w konklawe. Mimo to emerytowany biskup w nim uczestniczy. Seria skandali pedofilskich w Kościele katolickim w USA, sięgających wczesnych lat 90., nie tylko wpłynęła na jego reputację, ale również kosztowała go miliardy dolarów w formie ugód zawieranych z ofiarami molestowania przez księży - przypomina agencja Reutera. W 2007 roku archidiecezja Los Angeles zgodziła się wypłacić rekordową sumę 660 mln dol. tytułem odszkodowań za straty moralne 508 osobom, które oskarżały księży o molestowanie seksualne.