Cud nie jest wymagany w przypadku wynoszonych na ołtarze męczenników za wiarę. Według procedur dotyczących procesu beatyfikacyjnego cud musi nastąpić po śmierci kandydata na ołtarze, a jest on interpretowany jako wynik żarliwej modlitwy do niego. Przepisy stanowią, że sprawa cudu jest przedmiotem osobnego postępowania kanonicznego. Najpierw prowadzone jest ono w diecezji, w której do niego doszło. Przypadek, po otrzymaniu przez stronę kościelną sygnału o domniemanym uzdrowieniu, analizują na samym początku lekarze. Następnie jest on badany przez powołany w tym celu trybunał diecezjalny. Kiedy zakończy on pracę, dokumentację przekazuje się do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Watykanie, gdzie podlega on analizie trzech kolejnych gremiów, które wypowiadają się na jego temat w głosowaniu. Na pierwszym etapie postępowania w kongregacji dokumentacja medyczna trafia do współpracujących z nią lekarzy. Przedkładają oni ekspertyzy, w których zajmują stanowisko wobec opisanego przypadku. Po zebraniu tych opinii zwołuje się posiedzenie komisji lekarskiej. Obecnie na jej czele stoi osobisty lekarz papieża, kardiolog Patrizio Polisca. W głosowaniu komisja lekarska wypowiada się, czy zaaprobować cud. Gdy głosowanie kończy się pozytywnym wynikiem, materiały ocenia, także w głosowaniu, komisja teologów. Ostatnim etapem prac jest głosowanie komisji kardynałów i biskupów z kongregacji, którzy decydują, czy należy uznać cud. Po pomyślnym głosowaniu przygotowywany jest dekret, który przedstawia się papieżowi. To on wyraża zgodę na jego promulgację, czyli ogłoszenie. Do beatyfikacji Jana Pawła II wybrano bardzo trudny, jak się podkreśla, przypadek niewytłumaczalnego z medycznego punktu widzenia całkowitego, nagłego ustąpienia objawów zaawansowanej choroby Parkinsona u francuskiej zakonnicy Marie Simon-Pierre. Dwa miesiące po śmierci papieża, w czerwcu 2005 roku modliła się ona do niego z całą swą wspólnotą zakonną. Kiedy obudziła się pewnego ranka, nie miała już żadnych objawów. Od tamtej pory, jak przyznała w wywiadzie dla telewizji RAI, nie bierze żadnych leków i jest całkowicie zdrowa. Początkowo sprawa ta budziła wątpliwości medyczne, czy w tym przypadku nie był to tzw. zespół parkinsonowski, który może ustąpić sam. Lekarze przyznali jednak ostatecznie, że nie wiedzą, jak wytłumaczyć to, co się stało. To właśnie jest istotą dochodzenia w sprawie cudu.