Obama osobiście ostrzegł Trumpa, ówczesnego prezydenta elekta, przed powierzaniem funkcji Flynnowi, emerytowanemu generałowi i byłemu szefowi Agencji Wywiadu Ministerstwa Obrony USA. Rozmowa miała miejsce 10 listopada, zaledwie dwa dni po wyborach, które Trump wygrał. Informację tę podała jako pierwsza sieć NBC News; później potwierdził ją między innymi "Washington Post", powołując się na osoby z byłej i obecnej amerykańskiej administracji. Rzecznik Białego Domu Sean Spicer powiedział podczas poniedziałkowego briefingu prasowego, że w istocie doszło do takiej rozmowy między Obamą i Trumpem. Flynn złożył w lutym rezygnację w związku ze swoimi kontaktami z przedstawicielami Rosji, które miał ponadto zataić przed wiceprezydentem Mike'iem Pencem. Pełnił funkcję doradcy prezydenta USA do spraw bezpieczeństwa zaledwie przez trzy tygodnie i trzy dni - najkrócej w historii. Informacja o rozmowie Obamy i Trumpa na temat Flynna wypłynęła na kilka godzin przed przesłuchaniem w Senacie Sally Yates, która pełniła obowiązki prokuratora generalnego do końca stycznia; jak podała agencja AP, oczekuje się powszechnie, że Yates powie, iż w styczniu poinformowała radcę prawnego Białego Domu Donalda McGahna, że Flynn zataił przed najbliższym otoczeniem prezydenta Trumpa temat swoich rozmów z ambasadorem Rosji w Waszyngtonie Siergiejem Kislakiem. Po wymuszonej dymisji Flynna media w USA pisały, że przekazała ona również te informacje wysokiej rangi urzędnikom Rady Bezpieczeństwa Narodowego. Podkomisja Senatu USA, która przesłucha Yates, prowadzi dochodzenie w sprawie ingerencji Rosji w wybory prezydenckie w USA. Odrębne postępowania prowadzą w związku tą sprawą FBI oraz agencje amerykańskiego wywiadu. Jak podkreśla AP, Flynn znalazł się w samym centrum tego dochodzenia. Przed podkomisją Senatu zeznaje w poniedziałek również James Clapper, który był dyrektorem wywiadu narodowego (DNI) w administracji Obamy.