Od śmierci bin Ladena Zawahiri, będący dotąd jego prawą ręką i prywatnym lekarzem, uchodził za jego najbardziej prawdopodobnego następcę. Choć ataki na World Trade Center i Pentagon w 2001 roku uczyniły z bin Ladena wroga numer 1 Waszyngtonu, to ich przeprowadzenie nigdy nie byłoby możliwe bez Zawahiriego - zwracali uwagę komentatorzy. Saudyjski milioner bin Laden służył Al-Kaidzie charyzmą i pieniędzmi, ale to Zawahiri zapewniał ideologiczną podbudowę, taktykę i zdolności organizacyjne niezbędne do zebrania pojedynczych terrorystów w komórki jednej siatki, rozrzucone po całym świecie. Uważa się, że po amerykańskiej inwazji na Afganistan w 2001 roku i wyparciu stamtąd Al-Kaidy to właśnie Egipcjanin zdołał względnie scalić osłabioną siatkę. Za informacje pomocne w schwytaniu Zawahiriego oferowano 25 milionów dolarów - tyle, ile początkowo za samego bin Ladena. Zawahiri urodził się 19 czerwca 1951 roku na przedmieściach Kairu w rodzinie lekarzy i duchownych. Od nastoletnich lat był zafascynowany pismami egipskiego teologa Sajjida Kutba, uznawanego za ideologa ruchu fundamentalistycznego i związanego z Bractwem Muzułmańskim. Zdaniem ekspertów te wczesne fascynacje odróżniają go od bin Ladena, który dopiero jako dorosły człowiek przystał do obozu islamskich radykałów. W latach 70., już po uzyskaniu dyplomu lekarza, Zawahiri był aktywny w kręgach bojowników islamskich. Doprowadził do utworzenia egipskiego Islamskiego Dżihadu (od wczesnych lat 90. stał na czele tej organizacji) i podjął próbę infiltracji kręgów wojskowych - w pewnym momencie przechowywał nawet broń we własnej prywatnej klinice. Po zabójstwie w 1981 roku egipskiego prezydenta Anwara Sadata przez islamskich ekstremistów Zawahiri został aresztowany, choć - jak utrzymywał - o planowanym zamachu dowiedział się tylko kilka godzin wcześniej. Trzy lata spędził w więzieniu, gdzie był poddawany torturom, co jeszcze bardziej go zradykalizowało. Po wyjściu z więzienia w 1984 roku udał się do Afganistanu (wcześniej przez kilka miesięcy przebywał tam w 1980 roku) i dołączył do bojowników, którzy walczyli po stronie mudżahedinów ze Związkiem Radzieckim. W tym samym czasie Zawahiri rozpoczął ponowne montowanie siatki terrorystycznej, umieszczając w otoczeniu bin Ladena egipskich członków Islamskiego Dżihadu, m.in. Saifa el-Adela, za którego USA oferują obecnie 5 mln dolarów nagrody. Ostatecznie Zawahiriego obwołano zastępcą bin Ladena; niedługo potem nastąpiły ataki Al-Kaidy na amerykańskie ambasady w Nairobi i Dar es Salaam, a następnie uszkodzenie przez terrorystów amerykańskiego niszczyciela USS Cole u wybrzeży Jemenu w październiku 2000 roku. Niecały rok później doszło do zamachów na World Trade Center i Pentagon, po którym Osama bin Laden stał się najbardziej poszukiwanym terrorystą świata. Agencja Associated Press ostrzegała po śmierci bin Ladena, że jest zbyt wcześnie, by określić, w jaki sposób Al-Kaida się zmieni, ale pod przywództwem Zawahiriego ugrupowanie zapewnie zradykalizuje się, przeprowadzając nową falę ataków w celu pomszczenia Saudyjczyka. W ubiegłym tygodniu Zawahiri oświadczył w nagraniu wideo umieszczonym na portalu YouTube, że Stany Zjednoczone po śmierci bin Ladena stanęły w obliczu muzułmańskiej rebelii. - Obecnie, i dzięki niech będą Bogu, Ameryka nie stoi w obliczu jednostki czy ugrupowania (...) lecz zbuntowanego narodu, który przebudził się ze snu w trakcie renesansu dżihadu i który rzuca im zewsząd wyzwanie - powiedział Zawahiri, zapowiadając kontynuowanie świętej wojny przeciwko Zachodowi. - Musimy iść dalej drogą dżihadu, aby wygnać najeźdźców z ziem muzułmańskich - powiedział pokazany z kałasznikowem u boku Zawahiri, zwracając się do "ludu muzułmańskiego". W pierwszym nagraniu wideo Zawahiriego zarejestrowanym po śmierci Saudyjczyka powiedział on, że bin Laden, "pionier dżihadu przeciwko komunistom, a potem krzyżowcom" (Amerykanom i ich sojusznikom), który "przerażał za swego życia Amerykę, nie przestaje przerażać jej i po śmierci, do tego stopnia, że (Amerykanie) bali się, by spoczął w grobie", i wrzucili jego szczątki do morza. Po wyeliminowaniu bin Ladena pojawiały się nawet głosy, kwestionujące faktyczne przywództwo Saudyjczyka w siatce terrorystycznej. "Wall Street Journal" pisał, powołując się na pakistańskie źródła wywiadowcze, że drogi bin Ladena i Zawahiriego rozeszły się sześć lat temu, a bin Laden był "marginalizowany" w organizacji. Informator ten powiedział, że bin Laden, któremu Zawahiri pomógł pod koniec lat 80. założyć Al-Kaidę, został odsunięty na boczny tor, ponieważ skończyły mu się fundusze na działania operacyjne, a poza tym jego popularność malała. Według "WSJ", napięcia między bin Ladenem a Zawahirim miały pojawić się ok. 2005 roku, po utworzeniu Al-Kaidy w Iraku, będącej odnogą organizacji. Iracka filia, którą kierował Jordańczyk Abu Musab al-Zarkawi, rozpoczęła krwawą kampanię przeciwko szyitom w Iraku. Bin Laden i duża część przywództwa Al-Kaidy odwróciła się od strategii Zarkawiego, podczas gdy Zawahiri miał ją akceptować. Przez wielu ekspertów Zawahiri był uważany za bardziej radykalnego od bin Ladena. W swoich wystąpieniach ostro krytykował Iran, egipskie Bractwo Muzułmańskie, palestyński Hamas, Hezbollah czy inne radykalne organizacje islamskie, które bin Laden wolał traktować jako odnogi szerszego nurtu dżihadu.