Mohammed jest jednym z bliższych współpracowników Osamy bin Ladena. Plan zmienił sam Osama bin Laden. Według Mohammeda plany ataku przygotowywano od 1996 roku. Na pewnym etapie przewidywały one równoczesne porwanie 5 samolotów na wschodnim i 5 na zachodnim wybrzeżu USA. Później przewidywano, że 22 zamachowców porwie 4 samoloty w pierwszej fali ataków, po którym nastąpi kolejna, z udziałem zamachowców w krajach południowo-wschodniej Azji. Drugą część tego planu także wkrótce zarzucono. Według zeznań Mohammeda, centralną rolę w przygotowaniu zamachu na ziemi amerykańskiej miał nie - jak dotąd myślano - Mohamed Atta, ale operujący w Kalifornii Kali Dalmidar i Nawawal Hazmi - obaj uczestnicy porwania samolotu, który uderzył w Pentagon. Centrala Al-Kaidy utrzymywała z nimi kontakt przy pomocy Internetu. Zdaniem Mohammeda początkowo w ataku miała uczestniczyć międzynarodowa grupa zamachowców. Sam bin Laden zdecydował, żeby to byli Saudyjczycy.