Dziewięć lat temu Krzystkowi, jako ówczesnemu dyrektorowi generalnemu Urzędu Wojewódzkiego, przyznano 148-metrowe mieszkanie w przedwojennej kamienicy. Został on wtedy wskazany przez wojewodę zachodniopomorskiego jako jedna z sześciu osób "niezbędnych dla miasta", którym na mocy porozumienia gmina-wojewoda przyznawano lokale komunalne. Po roku warte wówczas 180 tys. zł mieszkanie Krzystek wykupił za 32 tys. zł, korzystając z ulg, które wtedy obowiązywały. Sprawa wyszła na jaw podczas ostatniej kampanii przed wyborami samorządowymi. Prezydent Krzystek chciał by to sąd rozstrzygnął czy naruszone zostało prawo przy przyznawaniu mieszkań. - Nie zostały w tym przypadku spełnione warunki niezbędne do zawarcia umowy najmu. W przypadku najmu lokali o czynszu regulowanym (a takie to było mieszkanie) istotnym jest kryterium dochodowe, a ówczesne dochody Piotra Krzystka przewyższały wyznaczony pułap - argumentowała sędzia Jolanta Czarnota. Sąd ocenił, że nie było podstawy do zawarcia umowy najmu, bo sama umowa pomiędzy miastem a wojewodą nie jest podstawą prawną. - Wobec nieważności najmu nieważne jest też nabycie lokalu przez Krzystka - dodała sędzia Czarnota. Prezydent Krzystek po ogłoszeniu wyroku powiedział, że stał się ofiarą błędnych procedur. - I nie ma znaczenia, czy jestem prezydentem miasta. Dotyczy to wielu innych ludzi. Cała sytuacja świadczy o niekompetencji osób, które sprawowały nadzór nad polityką mieszkaniową w czasie, gdy nastąpił przydział mojego mieszkania - dodał. - To mieszkanie było ruiną i dużo włożyłem w jego remont. Będę rozważał wystąpienie o zwrot tych kosztów - zaznaczył. Krzystek zdecydował już, że nie będzie się odwoływał od tego wyroku. - Od początku deklarowałem honorowe rozwiązanie tej sprawy. Niezłożenie apelacji jest właśnie takim honorowym wyjściem - napisał w oświadczeniu. Miasto skierowało już do sądu trzy kolejne sprawy dotyczące osób, które w podobny sposób dostały mieszkania. W lutym 2007 r. CBA w raporcie pokontrolnym wykazało nieprawidłowości przy przydziale i wykupie mieszkań komunalnych w Szczecinie w latach 1999-2003. Wśród osób, które w tym okresie na preferencyjnych warunkach otrzymały mieszkanie, był także Krzystek. Według CBA, które przeprowadziło kontrolę w 2006 r., miasto miało w ten sposób stracić prawie 3 mln zł, m.in. dlatego, że sprzedawało mieszkania z dużą bonifikatą, o wiele taniej niż na wolnym rynku. Władze Szczecina nie zgodziły się z wnioskami CBA i zarządziły własną kontrolę. Jesienią 2008 r. miejskie władze ogłosiły, że rozpoczęły procedurę odzyskiwania bonifikat od osób, które wykupiły lokal, a potem sprzedały go przed wymaganym terminem.