Według IPN Malinowski złożył nieprawdziwe oświadczenie lustracyjne. W archiwach Instytutu odnaleziono m.in. podpisaną przez niego deklarację o współpracy z Wojskową Służbą Wewnętrzną. Sąd poinformował, że dotarł do materiałów kontrwywiadu wojskowego, w których znajdują się notatki dotyczące lustrowanego. Postanowił wezwać na świadka autora tych zapisków. Chce też dotrzeć do materiałów, zgromadzonych w archiwach Instytutu w Warszawie. Sąd zlecił również sprawdzenie, czy świadek Edmund B. (były szef WSW - PAP), który nie stawił się na poprzednią rozprawę, rzeczywiście jest chory. Proces gen. Malinowskiego rozpoczął się w lutym br. Podczas poprzednich rozpraw świadkowie, w tym oficer nadzorujący generała, zeznawali, że Malinowski był tzw. martwym źródłem; nie przekazywano mu żadnych niejawnych informacji ani żadnej gratyfikacji. Podkreślali, że współpracowano z Malinowskim jawnie - jako wysokim oficerem wojska. Podczas procesu gen. Malinowski odmówił składania wyjaśnień i odpowiedzi na pytania. Wniosek o lustrację generała dywizji Andrzeja Malinowskiego IPN skierował do sądu w grudniu ub. roku. Malinowski był wówczas zastępcą dowódcy i szefa sztabu wojsk lądowych. Szef MON zdecydował wtedy o natychmiastowym przeniesieniu generała do rezerwy kadrowej do czasu wyjaśnienia sprawy. Zgodnie z ustawą lustracyjną lustrowani są oficerowie powoływani na najwyższe funkcje kierownicze w siłach zbrojnych. Zachowała się teczka personalna TW Andrzeja Malinowskiego, o pseud. Jantar, współpracującego z oficerem Wojskowych Służb Wewnętrznych 7. Łużyckiej Brygady Obrony Wybrzeża w latach 1987-89. Malinowski był w tym czasie szefem sztabu jednostki w Lęborku w stopniu kapitana. W teczce znalazło się m.in. napisane własnoręcznie i podpisane przez generała zobowiązanie do współpracy, oświadczenie o zakończeniu współpracy oraz o zachowaniu jej w tajemnicy. 57-letni gen. Malinowski m.in. w latach 1998-1999 dowodził Polskim Kontyngentem Wojskowym ONZ UNIFIL w Libanie. Był też dowódcą ostatniej, X zmiany polskiego kontyngentu w Iraku. Nominację na stopień generała dywizji odebrał z rąk prezydenta RP w maju 2007 r. Wojskowa prokuratura oskarżała go, że w 2002 r., gdy dowodził w Szczecinie, przyjął łapówkę w formie prac budowlanych w jego domu. W marcu 2010 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Poznaniu uniewinnił go od korupcyjnego zarzutu. Osoba uznana prawomocnie przez sądy za kłamcę lustracyjnego nie może przez okres od 3 do 10 lat pełnić funkcji publicznych.